申请执行人直接拿着被执行人的钱款，这一行为本身并不直接决定其合法性，关键在于这一行为是否符合法律规定的执行程序。以下从不同角度为您详细分析：

1. 合法执行程序的角度

在法律规定的执行程序中，申请执行人并不能直接“拿着”被执行人的钱款。执行程序通常由法院主导，包括但不限于查封、扣押、冻结被执行人的财产，以及通过拍卖、变卖等方式变现财产以清偿债务。如果申请执行人未经法院许可，直接拿走被执行人的钱款，这很可能构成对被执行人财产权的侵犯，是违法的。

合法做法：申请执行人应通过法院执行部门，依法对被执行人的财产进行查封、扣押、冻结等措施，并按照法定程序进行处置。

2. 被执行人自愿履行的情况

如果被执行人自愿将钱款交给申请执行人，以履行其债务，这一行为在双方自愿且不违反法律强制性规定的情况下，是合法的。但即便如此，也建议双方通过书面形式确认这一履行行为，以避免后续可能出现的纠纷。

注意事项：即使被执行人自愿履行，也应确保履行方式符合法律规定，避免因履行方式不当而引发新的法律问题。

3. 非法侵占或盗窃的风险

如果申请执行人未经被执行人同意，也未经法院许可，直接拿走被执行人的钱款，这很可能构成非法侵占或盗窃行为，将面临法律制裁。

法律后果：非法侵占或盗窃他人财物，可能构成犯罪，依法应追究刑事责任。同时，被执行人也有权通过法律途径要求申请执行人返还财物并赔偿损失。

4. 建议与操作流程

• 申请执行人：应严格按照法律规定的执行程序进行操作，通过法院执行部门依法对被执行人的财产进行处置。
• 被执行人：如认为执行行为违法或侵犯了自己的合法权益，应及时向法院提出异议，并通过法律途径维护自己的权益。
• 双方：在执行过程中，应保持沟通，尽量通过协商解决争议。如协商不成，应依法通过诉讼或仲裁等途径解决。

具体操作流程（以法院执行程序为例）：

1. 申请执行人向法院提交执行申请，并提供被执行人的财产线索。
2. 法院受理执行申请后，依法对被执行人的财产进行查封、扣押、冻结等措施。
3. 法院按照法定程序对查封、扣押、冻结的财产进行处置，如拍卖、变卖等。
4. 处置所得款项用于清偿被执行人的债务。

总结与建议：申请执行人不能直接拿着被执行人的钱款，而应依法通过法院执行部门进行财产处置。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。