针对恶意停车在别人家店门口的问题，店主可以采取以下合法措施来维护自己的权益：
沟通协商：
- 直接沟通：若车主在现场，店主应首先尝试以友好和礼貌的方式直接与其沟通，说明停车对店铺经营或通行造成的不便，请求其将车辆移至合适位置。
- 联系车主：若车主不在现场，但车辆上留有联系方式，店主可通过电话、短信等方式联系车主，说明情况并请求移车。
寻求物业或管理部门协助：
- 物业协助：若车辆所在区域有物业管理，店主可向物业反映情况，物业通常有相应的管理办法和联系车主的渠道，能协助解决停车问题。
- 城市管理部门投诉：店主还可向当地的城市管理部门投诉反映店铺门口停车问题。城市管理部门有责任维护市容市貌和交通秩序，会对乱停车等违法行为进行相应处理。
报警处理：
- 法律依据：根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》的相关规定，机动车在设有禁停标志、标线的路段不得停车。若店铺门口设有禁停标志或标线，停车行为即属违法。
- 报警流程：店主可拨打122报警电话向交警部门求助，交警会到场处理并对违法停车行为进行处罚，甚至可以将车辆拖移。
保留证据：
- 证据收集：在处理过程中，店主要注意保留相关证据，如车辆停放的照片、与车主或物业沟通的记录等。这些证据在后续可能出现的纠纷中至关重要，可用于法律维权。
法律手段：
- 民事诉讼：若停车行为已严重影响店铺的正常经营，且以上方法均无法解决问题，店主可在收集充分证据（如照片、视频、证人证言、损失清单等）的基础上，向法院提起民事诉讼，要求车主赔偿经济损失并停止侵权行为。法院会根据具体情况进行审理和判决。
在处理此类问题时，店主还需注意以下几点：
- 避免冲突：在处理过程中，店主应保持冷静，避免因一时冲动引发不必要的冲突，给自己带来法律风险。
- 预防措施：为预防类似问题再次发生，店主可在店铺门口设置明显的禁停标志，以提醒和警示其他车主。同时，安装监控设备不仅能记录停车情况，为后续处理提供证据支持，还能起到一定的威慑作用，减少违规停车的发生。
若车辆恶意阻碍生活或经营，店主还可考虑以下法律后果：
- 行政责任：根据《治安管理处罚法》，故意堵门车辆的行为可能扰乱了企业、团体、事业单位等的正常生产、经营、工作秩序，可处警告或者二百元以下罚款；情节较重的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款。
- 民事责任：从民事角度看，恶意停车侵犯了店主的相邻权。相邻权指不动产的所有人或使用人在处理相邻关系时所享有的权利。家门口属于店主通行、使用的合理范围，堵门妨碍了店主对自家店铺的正常使用，被侵权人有权要求侵权人停止侵害、排除妨碍。若因堵门造成财产损失等，还需承担民事赔偿责任。
综上所述，处理恶意停车在别人家店门口的问题需要综合考虑多种因素，并采取合适的措施来维护自己的合法权益和店铺的正常经营秩序。店主有权通过沟通协商、报警处理、向城市管理部门投诉以及寻求法律援助等途径来解决问题。