中标后合作协议的认定，主要涉及到对协议内容是否背离中标合同实质性内容的判断，以及这种背离是否会导致协议无效的问题。以下是对这一问题的详细解答：
一、中标合同实质性内容的认定
根据《民法典》的相关规定，以及最高人民法院的司法解释，合同实质性内容通常指的是对合同双方当事人权利、义务有实质影响的内容。在施工合同中，这些实质性内容主要包括：
- 工程范围：即合同约定的施工范围和内容。
- 建设工期：即合同约定的工程开工和竣工时间。
- 工程质量：即合同约定的工程质量标准和要求。
- 工程价款：即合同约定的工程总价款或单价，以及支付方式和时间等。
二、背离中标合同实质性内容的判断
在判断合作协议是否背离中标合同实质性内容时，主要从以下两个方面进行考虑：
是否影响其他中标人中标：
- 需要综合审查签订合作协议的目的、时间、内容等，判断是否存在影响其他中标人利益的可能性。
- 如果合作协议的内容或签订方式可能对其他中标人的中标机会产生不利影响，那么这种协议可能被视为背离了中标合同的实质性内容。
是否较大影响招标人与中标人的权利义务：
- 需要评估合作协议的内容是否较大地改变了招标人与中标人之间的权利义务关系。
- 如果合作协议的内容对招标人与中标人的权利义务产生了显著影响，且这种影响超出了正常合同变更的范围，那么这种协议也可能被视为背离了中标合同的实质性内容。
三、合作协议的效力认定
如果合作协议未背离中标合同实质性内容：
- 即合作协议的内容未对其他中标人中标产生不利影响，也未较大改变招标人与中标人之间的权利义务关系，那么这种协议应被视为有效。
如果合作协议背离了中标合同实质性内容：
- 根据《招标投标法》的相关规定，这种协议可能被视为无效。因为背离中标合同实质性内容的协议，可能破坏了招标投标的公平性和公正性，损害了其他投标人的利益。
四、建议
在签订合作协议前，应仔细审查协议内容：
- 确保协议内容不背离中标合同的实质性内容，以避免可能的法律风险和纠纷。
如果合作协议内容存在争议或疑问：
- 建议咨询专业的法律人士或律师，以获取更准确的法律意见和指导。
综上所述，中标后合作协议的认定主要涉及到对协议内容是否背离中标合同实质性内容的判断。在签订合作协议时，应仔细审查协议内容，确保不背离中标合同的实质性内容，以维护招标投标的公平性和公正性。