结论：借3000元分12期还4000元，是否合法需结合具体利率计算及法律规定来判断，若年利率超过合同成立时一年期贷款市场报价利率的四倍，则超出部分的利息不受法律保护。
一、法律对民间借贷利率的规定
根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，民间借贷的利率受到法律保护的上限是合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍。这里的LPR是由中国人民银行授权全国银行间同业拆借中心每月公布的，它会随市场情况波动。
二、具体计算与分析
计算实际年利率：
- 借款本金：3000元
- 总还款额：4000元
- 还款期数：12期（假设为一年）
- 利息总额：4000元 - 3000元 = 1000元
- 年利率计算公式：\(年利率 = (\frac{利息总额}{借款本金}) \times 100\% \div 借款年数\)
- 代入数值计算：\(年利率 = (\frac{1000}{3000}) \times 100\% \div 1 = 33.33\%\)（此为简化计算，实际可能因还款方式不同而有所差异）
与法律上限比较：
- 假设合同成立时一年期LPR为3.65%（此数值会随时间变化，需以实际公布为准），则其四倍为14.6%。
- 若计算出的年利率（如33.33%）超过了这个上限（14.6%），则超出部分的利息不受法律保护。
三、不同情况下的法律后果
若年利率未超过LPR四倍：
- 该借贷行为完全合法，借款人需按约定还款，出借人有权要求借款人支付约定利息。
若年利率超过LPR四倍但借款人已支付：
- 借款人可以请求出借人返还已支付的超过LPR四倍部分的利息。
- 若出借人拒绝返还，借款人可以通过法律途径追回。
若年利率超过LPR四倍且借款人未支付：
- 出借人无权要求借款人支付超过LPR四倍部分的利息。
- 借款人只需按LPR四倍以内的利率支付利息。
四、建议与风险提示
- 对于借款人：在签订借贷合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于利率的约定。若发现利率过高，应谨慎考虑是否借款。
- 对于出借人：应合理设定利率，避免超过法律保护的上限。否则，超出部分的利息可能无法得到法律保障。
- 风险提示：民间借贷存在风险，双方应尽可能通过书面合同明确权利义务，以减少纠纷发生的可能性。
总结：借3000元分12期还4000元是否合法，关键在于实际年利率是否超过了合同成立时一年期贷款市场报价利率的四倍。若有问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。