关于吸毒被抓两人指认他人容留是否会立案的问题，结论前置如下：

1. 若两人指认的证据确凿且形成完整证据链，同时满足容留他人吸毒的立案追诉标准，是可以立案的。
2. 若两人指认的证据不足或存在瑕疵，无法形成完整证据链，或者不满足容留他人吸毒的立案追诉标准，则可能不会立案。

详细分析如下：

一、立案的关键在于证据的充分性和完整性

在刑事案件中，立案的关键在于证据的充分性和完整性。对于吸毒被抓两人指认他人容留的情况，如果两人的指认证据确凿，且能够与其他证据相互印证，形成完整的证据链，证明被指认人确实存在容留他人吸毒的行为，那么公安机关是可以立案的。

二、容留他人吸毒的立案追诉标准

根据《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（三）》第十一条，提供场所容留他人吸食、注射毒品，若具备以下任一情形，应予立案追诉：

1. 容留他人吸食、注射毒品两次以上的；
2. 一次容留三人以上吸食、注射毒品的；
3. 因容留他人吸食、注射毒品被行政处罚后，再次容留他人吸食、注射毒品的；
4. 容留未成年人吸食、注射毒品的；
5. 以牟利为目的容留他人吸食、注射毒品的；
6. 容留他人吸食、注射毒品造成严重后果或者其他情节严重的。

如果两人指认的容留行为满足上述任一情形，且证据确凿，那么公安机关将依法予以立案侦查。

三、证据不足或存在瑕疵的情况

如果两人指认的证据不足或存在瑕疵，比如指认内容模糊、指认人记忆错误、指认人与案件有利害关系等，导致无法形成完整的证据链，或者不满足容留他人吸毒的立案追诉标准，那么公安机关可能不会立案。在这种情况下，可能需要进一步收集证据或者通过其他途径来证明被指认人的行为。

四、法律建议

1. 对于指认人：如果确实目睹了他人容留吸毒的行为，应当积极向公安机关提供线索和证据，协助公安机关打击犯罪行为。同时，也要注意保护自己的安全和合法权益。
2. 对于被指认人：如果认为自己被错误指认或者证据不足，应当及时向公安机关提出申诉或者辩护意见，维护自己的合法权益。在必要时，可以寻求专业律师的帮助。

最后需要强调的是，毒品对个人和社会都有极大的危害。我们应该坚决抵制毒品，远离毒品，共同营造一个健康、和谐的社会环境。对于任何涉嫌容留他人吸毒的行为，我们都应持零容忍态度。如果您有任何法律问题或者需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。