涉毒案件检察院不起诉一般不会留下案底，即刑事犯罪记录，但相关记录仍可能被保留在有关部门档案中。

详细分析如下：

一、不起诉的类型及法律后果

1. 法定不起诉（绝对不起诉）

   • 若涉毒案件中的犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或存在如情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪等情形，根据《刑事诉讼法》的规定，人民检察院应作出不起诉决定。在此情况下，被不起诉人被视为无罪或依法不应被追究刑事责任，因此不会留下案底。

2. 酌定不起诉（相对不起诉）

   • 对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的涉毒案件，人民检察院可作出不起诉决定。虽然法律上酌定不起诉并非判定有罪，但实践中部分地区记录系统可能留存相关案件信息。然而，这并不属于正式犯罪记录意义上的案底，且在多数需要开具无犯罪记录证明的场合，能够正常开具。

3. 证据不足不起诉（存疑不起诉）

   • 对于二次补充侦查后仍认为证据不足、不符合起诉条件的涉毒案件，人民检察院应作出不起诉决定。若后续无新证据证明犯罪嫌疑人构成犯罪，则此不起诉不构成犯罪记录，即无案底。

二、特殊注意事项

• 即使不起诉决定本身不留下案底，相关记录仍可能被保存在公安机关、检察院等部门档案中。这些记录虽非正式刑事案底，但在特定情况下可能被查阅。
• 不起诉仅意味着不追究刑事责任，并不免除可能的行政责任。若涉毒行为违反《治安管理处罚法》等行政法规，仍可能接受行政处罚，这将留下行政处罚记录，但与刑事案底不同。

综上所述，涉毒案件检察院不起诉的决定通常不会留下正式的刑事案底记录。然而，相关记录仍可能存在，并在特定情况下被查阅。因此，在处理相关事务时，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。如有进一步需要，您可以继续咨询我。