若两个孩子都选择跟随母亲，法院的判决会综合多方面因素，并非仅依据孩子意愿，但孩子意愿是重要考量因素之一。具体判决情况如下：
一、孩子年龄与意愿的考量
不满两周岁的子女：
- 根据相关法律规定及司法实践，不满两周岁的子女原则上由母亲直接抚养。因为这个阶段的孩子更需要母亲的照顾和呵护，法院在判决时会优先考虑这一点。
- 若两个孩子都不满两周岁且都选择跟随母亲，且母亲具备抚养能力和条件，法院很可能会判决两个孩子都归母亲抚养。
已满两周岁的子女：
- 对于已满两周岁的子女，法院会综合考量多种因素，包括孩子的意愿、父母双方的抚养能力和条件等。
- 若两个孩子都已满两周岁且都选择跟随母亲，法院会进一步审查母亲的抚养能力和条件，如经济状况、居住环境、教育背景等，以及父亲是否有更有利于孩子成长的情形。
- 若母亲具备更优越的抚养能力和条件，且父亲没有明显优势，法院可能会判决两个孩子都归母亲抚养。
已满八周岁的子女：
- 对于已满八周岁的子女，法院应当尊重其真实意愿。若两个孩子都已满八周岁且都明确表示愿意跟随母亲生活，这是法院判决抚养权归属的重要参考因素。
- 在其他条件相当的情况下，法院大概率会将抚养权判归母亲，以保障孩子的意愿和情感需求。
二、父母双方抚养能力和条件的考量
经济状况：
- 法院会审查父母双方的经济状况，包括收入、财产等，以判断哪一方能给孩子提供更稳定的生活环境和良好的教育资源。
- 若母亲经济状况良好，能够稳定提供孩子所需的生活费用和教育费用，这将有利于她争取到孩子的抚养权。
居住环境：
- 居住环境也是法院考虑的重要因素之一。法院会审查父母双方的居住条件，包括住房面积、周边环境等，以判断哪一方能给孩子提供更舒适、安全的居住环境。
- 若母亲拥有宽敞、舒适的住房，且周边环境适宜孩子成长，这将增加她争取到抚养权的机会。
抚养能力和条件：
- 法院还会审查父母双方的抚养能力和条件，包括陪伴孩子的时间、自身教育程度、健康状况等。
- 若母亲能够投入更多时间陪伴孩子，具备较高的教育程度和良好的健康状况，这将有利于她争取到孩子的抚养权。
三、特殊情况下的判决
母亲存在不利因素：
- 若母亲存在严重不利于孩子成长的情况，如虐待、患严重传染性疾病等，即使两个孩子都选择跟随母亲，法院也可能将抚养权判给父亲。
- 法院在判决时会以孩子的最大利益为出发点，确保孩子能在健康、安全的环境中成长。
父亲能证明更有利于孩子成长：
- 若父亲能证明自己具备更优越的抚养能力和条件，且对孩子成长更有利，即使两个孩子都选择跟随母亲，法院也可能将抚养权判给父亲或判决一人抚养一个孩子。
- 法院会综合考量各种因素，以确保判决结果能最大程度地保障孩子的权益。
法律建议：
- 在离婚案件中，若两个孩子都选择跟随母亲，母亲应积极准备相关证据，证明自己具备更优越的抚养能力和条件。
- 父亲若想争取孩子的抚养权，也应提供有力证据证明自己更适宜抚养孩子。
- 双方应理性对待抚养权问题，以孩子的最大利益为出发点，通过协商或诉讼等方式妥善解决抚养权归属问题。
可能后果：
- 若法院判决两个孩子都归母亲抚养，父亲应依法支付抚养费，并享有探视权。
- 若法院判决一人抚养一个孩子，双方应共同承担抚养责任，确保孩子能在健康、快乐的环境中成长。
- 若任何一方对判决结果不满，可依法提起上诉，但应充分考虑上诉的成本和风险。