当案件事实真伪不明时，由举证方承担不利后果，这一规定主要基于我国民事诉讼中的举证责任制度。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

1. 《民事诉讼法》第六十四条第一款：

   • 规定：“当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。”这一条款确立了“谁主张，谁举证”的基本原则，即当事人应当对自己主张的事实加以证明。

2. 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十条：

   • 第一款规定：“当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实，应当提供证据加以证明，但法律另有规定的除外。”
   • 第二款规定：“在作出判决前，当事人未能提供证据或者证据不足以证明其事实主张的，由负有举证证明责任的当事人承担不利的后果。”这一条款明确指出了当案件事实真伪不明时，由举证方承担不利后果的规则。

二、举证责任的两层含义

1. 行为意义上的举证责任：

   • 强调由哪一方当事人提供证据，侧重于“提供”这一行为。即当事人为了免于不利的事实认定及败诉的后果，需要努力收集和提出证据。

2. 结果意义上的举证责任：

   • 突出了一个待证事实真伪不明时，由哪一方当事人承担不利后果，强调“不利后果”这一结果。即如果当事人没有举证或者虽然提出了证据却未能使法官的心证达到证明标准，即案件事实处于“真伪不明”状态时，负有举证责任的当事人将会承受对其不利的事实认定甚至败诉的后果。

三、举证责任分配的基本功能

1. 避免法官无法或拒绝作出裁判的情况：

   • 在当事人主张的事实真伪不明时，可以适用举证责任规则，确保法官能够作出裁判，避免案件因事实不清而无法结案。

2. 指引当事人的民事行为和诉讼行为：

   • 举证责任分配规则可以指引当事人在民事活动中和诉讼过程中如何收集和提供证据，以维护自己的合法权益。

四、实际应用中的注意事项

1. 举证责任的转移：

   • 在诉讼过程中，举证责任可能会根据案件的具体情况和当事人的主张而发生转移。例如，当一方当事人提供了初步证据后，另一方当事人可能需要提供反证来反驳对方的主张。

2. 法律另有规定的除外：

   • 在某些特殊情况下，法律可能会规定由另一方当事人承担举证责任。例如，在环境污染纠纷中，法律可能会规定由污染者承担证明其行为与损害结果之间不存在因果关系的举证责任。

总结来看，当案件事实真伪不明时，由举证方承担不利后果的规定是我国民事诉讼中的一项重要制度。它确保了诉讼的顺利进行和裁判的公正性。在实际应用中，当事人应当充分了解举证责任制度，积极收集和提供证据，以维护自己的合法权益。如果您在诉讼过程中遇到相关问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。