针对您提出的“婚姻存续期间一方有外遇，并一起经营店铺，对合法妻子隐瞒该怎么处理”的问题，以下是我的详细解答：

1. 法律层面的处理：

   • 离婚诉讼：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果夫妻一方因为对方的出轨行为要求离婚，可以向人民法院提起离婚诉讼。法院在审理离婚案件时，会首先进行调解；如果感情确已破裂，调解无效，应当准予离婚。特别是当出轨行为构成重婚或者与他人同居时，调解无效的，法院应当准予离婚。
   • 离婚损害赔偿：因一方重婚或者与他人同居导致离婚的，无过错方（即合法妻子）可以要求其支付损害赔偿。这包括精神损害赔偿和物质损害赔偿。具体的赔偿数额需要根据双方的具体情况以及法院的判决来确定。
   • 刑事责任：如果一方的出轨行为构成重婚罪，即有配偶而重婚的，或者明知他人有配偶而与之结婚的行为，那么该方将被追究刑事责任。犯重婚罪的，依法应处二年以下有期徒刑或者拘役。

2. 证据收集与维权：

   • 收集证据：为了维护自己的合法权益，合法妻子需要收集相关证据来证明对方的出轨行为以及共同经营店铺的事实。这些证据可以包括聊天记录、照片、视频、银行转账记录、店铺经营记录等。证据的收集应当合法，不得侵犯他人的合法权益。
   • 咨询律师：在收集到足够证据后，合法妻子可以咨询专业律师，了解具体的法律程序和维权策略。律师将根据具体情况，为合法妻子提供法律建议，并协助其进行法律诉讼。

3. 财产分割与权益保护：

   • 财产分割：在离婚诉讼中，夫妻共同财产的分割是一个重要环节。如果出轨一方被认定为过错方，那么根据民法典的规定，在夫妻共同财产进行分割的时候，应该照顾无过错方（即合法妻子）的权利。也就是说，无过错方可以要求出轨一方在分割财产时少分或者是不分。
   • 权益保护：除了财产分割外，合法妻子还可以要求出轨一方支付过错赔偿金，以弥补其因对方出轨行为所遭受的精神和物质损失。同时，合法妻子也有权要求对方停止与第三者的不正当关系，并恢复夫妻关系的和谐。

4. 实际操作建议：

   • 保持冷静：面对对方的出轨行为，合法妻子应当保持冷静，不要采取过激的行动。应当通过合法途径来维护自己的权益。
   • 及时咨询：在发现对方出轨后，合法妻子应当及时咨询专业律师，了解自己的法律权益和维权策略。
   • 积极取证：合法妻子应当积极收集相关证据，以证明对方的出轨行为和共同经营店铺的事实。这些证据将在后续的法律诉讼中发挥重要作用。

总结来说，面对婚姻存续期间一方有外遇并一起经营店铺的情况，合法妻子可以通过离婚诉讼、要求离婚损害赔偿以及追究刑事责任等法律途径来维护自己的权益。同时，合法妻子也需要积极收集证据、咨询律师，并采取合适的实际操作建议来应对这一挑战。如果您有任何法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。