微信转账发工资在遵守相关法律法规的前提下是合法的，但需注意操作规范和潜在风险。以下是对此问题的详细分析：
合法性依据
法律法规未严格限定支付方式：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及各省市自治区自行制定的有关工资方面的法规条文，用人单位有责任按照约定时间和金额向其雇佣的职工支付工资，但关于工资支付方式并未作出严格限制。
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”该条款并未明确禁止通过微信等电子支付方式发放工资。
电子数据作为法定证据：
- 电子数据已经成为公认的合法证据类别。在劳动争议产生时，微信转账记录可作为有效的证据提供，证明工资的支付情况。
合法情况
- 用人单位与劳动者可在劳动合同中明确约定通过微信转账发放工资，只要双方同意且不违反法律规定，这种支付方式就是合法的。
- 微信转账作为电子支付方式，其合法性在于是否按照法律法规进行申报、记录和缴纳相关税费。
不合法情况及风险
逃避社保缴纳和个人纳税义务：
- 若公司利用微信转账逃避社保缴纳和个人纳税义务，则属于违法行为。这种行为不仅损害了劳动者的合法权益，也违反了国家的税收和社保法规。
证据留存难：
- 微信转账记录作为电子证据，其证明效力可能较弱，易被篡改或删除。在劳动纠纷发生时，如果缺乏规范的记录，可能导致难以核实工资支付情况，从而增加劳动者的维权难度。
税务风险：
- 隐瞒工资收入、虚假申报个人所得税等可能导致税务违法行为。微信转账的隐蔽性增加了税务机关的监管难度，也增加了用人单位的税务风险。
解决建议与合规措施
规范操作流程：
- 制定详细的微信转账发工资操作流程，明确时间、方式、金额等细节，确保操作的规范性和透明度。
- 建立健全工资支付台账，详细记录每一笔转账信息，包括转账时间、金额、收款人等，确保真实性和完整性。
加强证据留存：
- 保存微信转账记录截图、聊天记录、工资确认信息等相关资料，以备不时之需。
- 签订工资支付协议，明确支付方式和相关事项，增强证据效力。在协议中可以约定微信转账作为工资支付的一种方式，并明确双方的权利和义务。
确保合规报税：
- 如实申报个人所得税，避免逃税行为。用人单位应按照国家税收法规的规定，及时、准确地申报和缴纳个人所得税。
- 配合税务机关检查，提供必要的转账记录和资料。在税务机关进行检查时，用人单位应积极配合，提供真实、完整的转账记录和资料。
总结来看，微信转账发工资在合法合规的前提下是可行的，但用人单位需严格遵守相关法律法规，规范操作流程，加强证据留存，并确保合规报税。如果用人单位在操作过程中存在违法行为或风险，可能会面临法律制裁和劳动纠纷。因此，建议用人单位在采用微信转账发工资时，务必谨慎操作，确保合法合规。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。