在实习期内持C1驾驶证驾驶农用三轮车，属于驾驶与准驾车型不符的机动车，将面临罚款、拘留及驾驶证记分的处罚。具体分析如下：

1. 准驾车型不符的认定
   C1驾驶证的准驾车型为小型、微型载客汽车及轻型、微型载货汽车等，不包括农用三轮车（通常需D证或E证）。根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，驾驶与准驾车型不符的机动车，属于违法行为。

2. 处罚依据及后果

   • 罚款：根据《道路交通安全法》第九十九条，可处200元以上200元以下罚款（部分地区可能顶格处罚）。
     
   • 拘留：情节严重的（如无证驾驶、发生事故等），可并处15日以下拘留。
     
   • 记分：一次性记9分（依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》），实习期内记满12分将注销驾驶证。

3. 实习期的特殊影响
   实习期内记满12分，直接注销其实习的准驾车型驾驶资格，需重新申领驾驶证。若仅记9分，虽不注销驾照，但会延长实习期（部分地区规定），且需参加交通安全学习。

建议：立即停止驾驶与准驾车型不符的车辆，尽快考取D证或E证以合法驾驶农用三轮车。如有其他疑问，可直接向我咨询。