司法鉴定不确定的结论，在符合法定情形和程序要求的前提下，可以是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、司法鉴定结论的合法性基础
司法鉴定结论的合法性主要来源于两个方面：一是鉴定程序的合法性，包括鉴定机构的资质、鉴定人的资格、鉴定材料的真实性和完整性等；二是鉴定结论的科学性和客观性，即鉴定结论应当基于科学的方法和程序得出，且不受外部因素的干扰。
二、不确定结论的合法性情形
鉴定材料限制：
- 当鉴定材料本身存在局限性或不确定性时，如材料不完整、模糊或存在多种解释可能，鉴定机构可能无法给出确定性的结论。这种情况下，鉴定机构会依据现有材料，结合科学方法和专业知识，给出可能性的范围或倾向性意见。这种不确定的结论，在鉴定材料真实、完整且鉴定程序合法的前提下，是合法的。
科学认知局限：
- 在某些复杂或新兴的领域，如网络犯罪、基因编辑等，科学认知可能尚未达到能够给出确定性结论的程度。此时，鉴定机构可能基于当前的科学知识和技术手段，给出不确定的结论。这种结论反映了科学认知的现状，也是合法的。
法定程序要求：
- 根据《司法鉴定程序通则》等相关法律法规，鉴定机构在鉴定过程中应当遵循法定程序，包括鉴定材料的接收、检验、分析、结论形成等环节。如果鉴定机构在遵循法定程序的前提下，因材料限制或科学认知局限而给出不确定的结论，这种结论是合法的。
三、不确定结论的非法性情形及后果
鉴定材料不真实、不完整：
- 如果鉴定机构在接收鉴定材料时，未对材料的真实性和完整性进行充分审查，或者明知材料存在问题仍进行鉴定，那么由此得出的不确定结论可能是非法的。这种情况下，鉴定结论可能因材料问题而被视为无效。
鉴定程序违法：
- 如果鉴定机构在鉴定过程中违反了法定程序，如未按照规定的步骤和方法进行鉴定、未记录鉴定过程等，那么由此得出的不确定结论也可能是非法的。这种情况下，鉴定结论可能因程序违法而被撤销或不予采信。
外部因素干扰：
- 如果鉴定机构或鉴定人在鉴定过程中受到外部因素的干扰，如利益输送、人情关系等，导致鉴定结论偏离了科学性和客观性，那么这种不确定的结论也是非法的。这种情况下，鉴定结论可能因违反职业道德和法律规定而被追究责任。
四、法律建议
- 对鉴定机构的建议：鉴定机构在接受鉴定委托时，应当对鉴定材料的真实性和完整性进行充分审查，确保鉴定程序的合法性和科学性。在给出不确定结论时，应当明确说明结论的不确定性原因和依据，以便委托方和相关方能够正确理解和使用鉴定结论。
- 对委托方的建议：委托方在选择鉴定机构时，应当选择具有合法资质和良好信誉的机构。在接收鉴定结论时，应当仔细审查结论的合法性和科学性，对于不确定的结论，应当结合案件实际情况和其他证据进行综合分析和判断。
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