是的，刑法确实保护农用地。具体来说，刑法通过相关条款对非法占用农用地的行为进行了惩治，以切实保护包括农用地在内的土地资源。以下从几个方面详细阐述：
一、刑法对农用地的保护条款
根据《中华人民共和国刑法修正案(二)》的规定，刑法第三百四十二条被修改为：“违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。”这一条款明确了对非法占用农用地行为的刑事处罚，体现了刑法对农用地的保护。
二、非法占用农用地的认定标准
违反土地管理法规：这是非法占用农用地行为的前提，指的是违反土地管理法、森林法、草原法等法律以及有关行政法规中关于土地管理的规定。
非法占用耕地、林地等农用地：这里的“农用地”包括耕地、林地等，非法占用指的是未经合法程序或未取得合法权利而占用这些土地。
改变被占用土地用途：非法占用农用地后，往往伴随着对土地用途的改变，如将耕地转为建设用地等。
数量较大，造成农用地大量毁坏：这是非法占用农用地行为达到刑事处罚程度的量化标准，具体数量标准可能因地区和具体情况而异，但通常指的是占用面积较大或毁坏程度较严重的情况。
三、非法占用农用地的法律后果
根据刑法第三百四十二条的规定，非法占用农用地，数量较大，造成农用地大量毁坏的，将面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金的刑事处罚。这一处罚措施体现了刑法对非法占用农用地行为的严厉打击态度。
四、实际案例与法律适用
在实际案例中，非法占用农用地的行为往往与开发建设、农业结构调整等活动相关联。例如，某些开发商或个人未经批准，擅自占用耕地或林地进行房地产开发或建设其他设施，这种行为就可能构成非法占用农用地罪。在司法实践中，法院会根据具体案情，如占用土地的面积、毁坏程度、行为人的主观故意等因素，综合判断是否构成犯罪，并依法进行处罚。
建议：作为公民或企业，应当严格遵守土地管理法规，不得非法占用农用地。如果需要进行土地开发或建设活动，应当依法取得相关审批手续，确保土地用途的合法性和合规性。如果遇到相关法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。