结论是，女方父亲曾判过刑的情况，一般不会直接影响男方作为一级保密军官与女方的结婚审核，但具体还需根据军队内部规定及个案情况综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、军队结婚审核的一般规定
军队对于现役军人的婚姻有特定的管理规定，这些规定主要关注军人自身的政治素质、道德品质以及婚姻是否符合军队的利益和纪律要求。在审核过程中，军队会重点考察军人本人的情况，包括其政治立场、道德品质、家庭背景（主要指军人本人的家庭情况，如父母、配偶等直系亲属的政治表现）以及婚姻是否会对军队工作产生不良影响等。
二、女方父亲判刑对结婚审核的影响
直接关联性有限：女方父亲曾判过刑，这一情况本身并不直接构成男方作为一级保密军官与女方结婚的障碍。因为结婚审核主要关注的是军人本人及其直系亲属（如配偶、父母等）的政治表现和道德品质，而女方父亲并非男方的直系亲属，其判刑情况对男方结婚审核的直接影响有限。
潜在影响需个案分析：尽管女方父亲判刑对结婚审核的直接影响有限，但在某些特殊情况下，如女方父亲判刑涉及严重违法犯罪行为，且该行为与军队利益或纪律要求存在潜在冲突时，军队可能会在审核过程中对此进行更为深入的考察。然而，这种情况较为罕见，且需要具体个案具体分析。
三、建议与注意事项
了解军队内部规定：由于军队对于现役军人的婚姻有特定的管理规定，且这些规定可能因军队类型、级别以及时间等因素而有所差异。因此，建议男方在准备结婚前，先了解所在军队对于结婚的具体规定和要求。
如实申报情况：在结婚审核过程中，男方应如实申报自己及家庭成员的相关情况，包括女方父亲判刑的情况。虽然这一情况本身可能不直接影响结婚审核，但隐瞒或虚假申报可能会导致审核不通过或后续出现问题。
咨询军队相关部门：如果男方对结婚审核的具体规定和要求存在疑问或不确定的情况，建议咨询所在军队的政治工作部门或相关负责人员，以获取更准确和权威的信息。
最后需要强调的是，每个军队和每个个案的情况都可能有所不同。因此，在面临类似问题时，最好直接咨询所在军队的相关部门或专业律师（比如我），以获取更具体和个性化的建议。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。