当轻伤二级的鉴定意见书下来后，整个流程会按照法律规定的程序逐步推进。以下是一个清晰、详细且具有深度的流程说明：
一、司法机关处理流程
公安机关立案侦查：
- 若之前未立案，公安机关会依据轻伤二级的鉴定结果展开立案侦查。
- 在侦查期间，公安机关会搜集相关证据，包括但不限于询问证人、讯问犯罪嫌疑人、调取监控录像等，以全面了解案件情况。
移送检察机关审查起诉：
- 侦查完毕后，公安机关会将案件移送至检察机关进行审查起诉。
- 检察机关会对案件证据的真实性、充分性进行审核，同时评估犯罪嫌疑人的行为是否构成犯罪，以及犯罪的性质和情节。
检察机关提起公诉：
- 若检察机关认为证据充足，符合起诉标准，会向法院提起公诉。
- 法院会依照法律和证据对案件进行审判，确定犯罪嫌疑人是否有罪以及应承担的刑事责任。
二、受害人权益保护与民事赔偿
提起附带民事诉讼：
- 在刑事诉讼过程中，受害人有权提起附带民事诉讼，要求犯罪嫌疑人赔偿因伤害而产生的医疗费、误工费、护理费等经济损失。
- 附带民事诉讼与刑事诉讼同步进行，受害人可以在刑事诉讼中一并提出民事赔偿请求。
协商与调解：
- 在民事赔偿方面，受害人可以与加害人进行协商，尝试达成赔偿协议。
- 若协商不成，双方可以请求司法机关进行调解。调解过程中，司法机关会协助双方沟通，寻求合理的赔偿方案。
提起民事诉讼：
- 若协商和调解均无法达成一致，受害人可以向法院提起民事诉讼，要求加害人承担赔偿责任。
- 法院会根据相关法律和证据，判定加害人是否应承担赔偿责任，以及赔偿的具体数额。
三、具体案例说明
以小朱被小胡打伤，经鉴定为轻伤二级为例：
- 鉴定结果作为证据：双方对鉴定结果无异议，小朱将鉴定结果作为证据交给公安机关。
- 公安机关处理：公安机关依据鉴定结果立案侦查，搜集相关证据。
- 民事赔偿协商与调解：小朱向小胡索赔医疗费等费用，双方就赔偿数额产生争议。协商不成后，双方尝试调解，但调解也失败。
- 司法机关进一步处理：公安机关将案件移交检察院审查起诉，检察院依法决定是否公诉。同时，小朱向法院提起民事诉讼，要求小胡承担赔偿责任。
- 法院审判：法院根据相关法律和证据，对案件进行审判，确定小胡是否有罪以及应承担的刑事责任和民事赔偿责任。
综上所述，轻伤二级鉴定意见书下来后，整个流程会涉及司法机关的处理、受害人的权益保护与民事赔偿等多个方面。必须按照具体案件的实际情况，由司法机关依照法律规定来进行后续的处理事宜。