医院内部设立的小药房是否合法，需根据具体情况来判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、公立医疗机构药房的设立规定
根据国家卫健委、国家医保局、国家药监局等六部委联合印发的《关于加强医疗机构药事管理促进合理用药的意见》，公立医疗机构不得承包、出租药房，不得向营利性企业托管药房，不得以任何形式开设营利性药店。这一规定旨在防止公立医疗机构与营利性药店之间产生利益关联，从而影响医疗服务的公正性和患者的利益。
- 若医院小药房属于承包、出租或托管性质：则明显违反了上述规定，属于不合法行为。这种情况下，医院可能面临相关部门的处罚，并需要承担相应的法律责任。
- 若医院小药房为医院自营且非营利性质：理论上并不直接违反上述规定，但需进一步考察其运营是否符合其他相关法律法规，如药品管理、价格管理等方面的规定。
二、医院小药房与医院的关系及运营模式
医院小药房的合法性还与其与医院的关系及运营模式密切相关。
- 若小药房为医院内部设立，用于补充医院药房药品不足：且药品价格合理、质量可靠，未违反相关法律法规，则这种模式在一定程度上是可以接受的。但需注意，医院应确保小药房的运营不损害患者的利益，如不强制患者购买、不提供高价低效药品等。
- 若小药房与医院存在利益关联，如医生指定患者到小药房购药：且小药房为营利性药店，则这种行为可能涉嫌违规。因为这种情况下，医生可能出于个人利益而推荐患者到特定药店购药，从而损害了患者的利益和医疗服务的公正性。
三、实际案例与监管措施
从实际案例来看，一些医院因设立“小药房”并存在违规行为而受到了相关部门的处罚。例如，有医院因医生指定患者到指定药店购药而被曝光，并随后进行了整改。这表明，监管部门对医院药房的设立和运营有着严格的监管要求。
- 监管部门的态度：监管部门对医院药房的设立和运营持严格监管态度，一旦发现违规行为，将依法进行处罚。
- 患者的权益保护：患者在面对医院小药房时，应保持警惕，了解自己的权益，如拒绝医生的不合理推荐、要求提供医保范围内的药品等。
四、建议与措施
针对医院小药房的合法性问题，我提出以下建议：
- 医院应严格遵守相关法律法规：确保药房的设立和运营符合规定，不损害患者的利益。
- 加强监管力度：监管部门应加强对医院药房的监管，定期进行检查和评估，确保医院药房的合法性和规范性。
- 提高患者权益保护意识：患者应了解自己的权益，如拒绝不合理推荐、要求提供医保范围内的药品等，并在必要时向相关部门投诉。
若您发现医院存在违规设立小药房或医生指定购药等行为，可以向当地卫健委或相关监管部门投诉。同时，如果您在医疗过程中遇到任何法律问题或需要法律帮助，也可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。