结论：摩托车被扣且被拍卖后，是否还需缴纳罚款需分情况讨论，具体取决于罚款的性质、行政处罚的履行情况及法律程序。以下是详细分析：

1. 罚款与车辆拍卖的独立性

• 行政处罚的独立性：根据《行政处罚法》，罚款是行政机关对违法行为（如无证驾驶、超速、未年检等）的独立处罚措施，与车辆是否被扣押或拍卖无直接关联。即使车辆被拍卖，罚款仍需履行，除非行政机关明确撤销处罚。
• 法律依据：《道路交通安全法》第108条规定，当事人逾期不履行行政处罚决定的，作出处罚决定的行政机关可采取下列措施：
  • 到期不缴纳罚款的，每日按罚款数额的3%加处罚款（加处罚款总额不得超出罚款数额）；
  • 申请人民法院强制执行。

2. 车辆拍卖后的罚款处理

• 拍卖款优先清偿债务：若车辆被拍卖，拍卖所得通常优先用于清偿与车辆相关的费用（如拖车费、停车费、罚款等）。但需注意：
  • 清偿顺序：根据《民事诉讼法》及相关司法解释，拍卖款需先支付执行费用、保管费用等，剩余款项按顺序清偿债务。若罚款属于优先清偿范围，可能从拍卖款中扣除。
  • 不足部分仍需缴纳：若拍卖款不足以覆盖罚款，当事人仍需补足差额。例如，车辆拍卖得款1万元，但罚款及加处罚款总额为2万元，则当事人仍需缴纳剩余1万元。

3. 特殊情形：罚款被撤销或减免

• 行政复议或诉讼：若当事人对罚款决定不服，可通过行政复议或行政诉讼申请撤销处罚。若处罚被撤销，则无需缴纳罚款。
• 不可抗力或特殊困难：极少数情况下，当事人可因经济困难申请延期或分期缴纳罚款，但需提供证明并经行政机关批准。

4. 实务建议

• 核实处罚决定：首先确认罚款的法律依据、金额及缴纳期限，避免因逾期产生加处罚款。
• 参与拍卖程序：若车辆被扣押，及时关注拍卖公告，确保拍卖款合理分配，减少个人损失。
• 法律救济途径：对处罚决定有异议的，应在法定期限内申请复议或提起诉讼，避免丧失救济权利。

总结：摩托车被拍卖后，罚款通常仍需缴纳，但可通过拍卖款清偿部分债务。若对处罚有异议，应及时通过法律程序解决。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。