当机动车在事故中承担次要责任，而非机动车承担主要责任时，赔偿问题主要依据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十六条来处理。以下是对此问题的详细解答：
一、赔偿原则与法律依据
根据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十六条，机动车与非机动车驾驶人之间发生交通事故，若非机动车驾驶人有过错，则根据其过错程度适当减轻机动车一方的赔偿责任。这意味着，在非机动车承担主要责任的情况下，机动车的赔偿责任会相应减轻。
二、责任划分与赔偿比例
通常，在非机动车承担主要责任、机动车承担次要责任的事故中，主责方（非机动车）可能承担70%的责任，而次责方（机动车）则承担30%的责任。但这一比例并非绝对，具体可能因案件的具体情况、地区法律规定或法院的判决而有所调整。
三、赔偿项目与计算方式
赔偿项目主要包括人身损害赔偿和财产损失赔偿：
人身损害赔偿：
- 医疗费：根据实际发生的医疗费用计算，需提供正规医疗机构的票据。
- 误工费：根据受害人的误工时间和收入状况确定，需提供误工证明等材料。
- 护理费：根据护理人员的收入状况和护理期限确定。
- 交通费：赔偿因就医治疗或处理事故而实际发生的交通费用。
- 营养费：根据受害人伤残情况参照医疗机构的意见确定。
- 残疾赔偿金/死亡赔偿金：根据受害人丧失劳动能力程度或者伤残等级，按照受诉法院所在地上一年度城镇居民人均可支配收入标准计算。
财产损失赔偿：
- 包括车辆维修费、物品损失费等，需提供相关票据或评估报告。
四、赔偿流程
报警与定责：
- 事故发生后，应立即报警并等待交警到场处理。
- 交警将进行现场勘查，并出具事故认定书，明确双方责任。
交强险赔付：
- 机动车一方通常投保了交强险，保险公司应在交强险限额内先行赔付非机动车一方的损失。
- 交强险的赔偿限额包括死亡伤残赔偿限额18万元、医疗费用赔偿限额1.8万元、财产损失赔偿限额0.2万元。
超出交强险部分的赔偿：
- 对于超出交强险责任限额的部分，按照双方各自的责任比例分担赔偿责任。
协商赔偿与调解：
- 双方可根据事故认定书进行协商，达成赔偿协议。
- 若协商不成，可寻求第三方调解机构协助，如公安机关交通管理部门或人民调解委员会。
法律途径：
- 若协商和调解均无果，受损方可向法院提起诉讼，要求对方承担赔偿责任。
五、特殊注意事项
非机动车方的弱势地位：
- 虽然非机动车承担主要责任，但在实践中，法院可能会考虑非机动车方的弱势地位，在赔偿比例上给予一定倾斜。
证据收集：
- 无论是协商还是诉讼，都需要提供充分的证据支持自己的主张，如医疗记录、收入证明、财产损失清单等。
未投保或限额不足情况：
- 如果机动车方未投保交强险或交强险限额不足以赔偿全部损失时，超出部分应由机动车方按照责任比例自行承担。
综上所述，当机动车在事故中承担次要责任，而非机动车承担主要责任时，赔偿问题需依据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十六条及相关法律法规来处理。双方应充分了解相关规定和流程，并积极配合相关部门的调查和调解工作，以确保赔偿事宜得到妥善处理。