在农村宅基地或房屋的房顶种菜，若房顶属于业主共有部分，则私自种菜是违法的；若房顶属于业主专有部分，则种菜行为本身不违法，但需注意不得危及建筑物安全或损害其他业主权益。以下从不同角度进行详细分析：
一、房顶属于业主共有部分的情况
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第二百七十一条规定，业主对建筑物内的住宅、经营性用房等专有部分享有所有权，对专有部分以外的共有部分享有共有和共同管理的权利。
- 共有部分包括建筑物的基本构造部分，如支柱、屋顶、外墙等。因此，若房顶属于业主共有部分，则业主无权私自占用进行种菜。
法律后果：
- 私自占用共有部分进行种菜，可能侵犯其他业主的共有权，引发邻里矛盾。
- 物业公司发现后有权进行制止，若制止无效，业主可以向法院起诉要求停止侵权并恢复原状。
实际案例：
- 在不少老小区，经常可以看到有居民在屋顶种菜，占用了公共空间，侵犯了其他业主的权利，还产生蚊虫气味等问题。这些行为均因房顶属于共有部分而构成违法。
二、房顶属于业主专有部分的情况
法律依据：
- 若房顶在购房合同上清楚地标注着属于顶层业主专有部分，则业主对该部分享有占有、使用、收益和处分的权利。
- 在此情况下，业主在房顶种菜的行为本身不违法，但需注意行使权利时不得危及建筑物的安全，不得损害其他业主的合法权益。
注意事项：
- 业主在房顶种菜时，应确保种菜行为不会对房屋结构造成损害，如避免堆土过厚导致屋顶承重过大。
- 业主应妥善处理种菜产生的废弃物和污水，避免对环境造成污染或对其他业主的生活造成影响。
实际建议：
- 即使房顶属于专有部分，业主在种菜前也应考虑邻里关系，避免因种菜行为引发不必要的纠纷。
- 业主可以与物业公司或其他业主协商，制定合理的种菜规则和管理办法，以确保种菜行为的合法性和合理性。
三、特殊情况下的考虑
- 老旧小区改造：在老旧小区改造过程中，若因改造导致业主无处晾晒被单衣物而需要到楼顶晾晒，此时业主应与物业公司或其他业主协商解决晾晒问题，而非私自占用楼顶进行种菜。
- 社区管理：社区工作人员和物业公司应加强对楼顶等共有部分的管理和监督，及时发现并制止私自占用行为，维护小区的公共秩序和业主的合法权益。
总结与建议：在农村宅基地或房屋的房顶种菜时，业主应首先明确房顶的权属情况。若房顶属于共有部分，则私自种菜是违法的；若房顶属于专有部分，则种菜行为本身不违法，但需注意不得危及建筑物安全或损害其他业主权益。在实际操作中，业主应遵守相关法律法规和社区管理规定，与物业公司和其他业主协商解决可能产生的问题。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。