针对您提出的“资格审查代理机构可以让甲方代表审查吗”这一问题，我们需要从招标方式及非招标方式的不同角度来详细探讨资格审查的主体及其职责。

首先，对于招标方式（如公开招标、邀请招标），根据《政府采购货物和服务招标投标管理办法》的相关规定，货物和服务招标项目评标前的资格审查应该由采购人或者采购代理机构负责完成，且不得委托其他人代替完成。这意味着，在这两种招标方式下，采购人或其委托的采购代理机构是资格审查的主要责任主体，甲方代表（若非采购人或采购代理机构人员）通常不被允许直接进行资格审查。

在资格审查过程中，采购人或采购代理机构需依据招标文件中明确规定的资格条件和评审标准，对投标人的资质证明文件、财务状况、技术实力、类似项目业绩等进行全面审查。这一过程旨在筛选出符合项目要求的合格投标人，为后续的投标文件评审奠定坚实基础。

其次，对于非招标方式（如竞争性谈判、竞争性磋商、询价等），资格审查的主体则有所不同。在竞争性谈判和询价采购中，资格审查工作主要由谈判小组或询价小组负责。而在竞争性磋商项目中，资格审查的主体则更加灵活，可由采购人及其采购代理机构依法进行资格审查，也可由磋商小组进行资格审查，但应在磋商文件中进行明示。不过，无论哪种情况，甲方代表若非谈判小组、询价小组或磋商小组成员，通常也不直接参与资格审查。

最后，需要强调的是，资格审查作为招标过程中的关键环节，其重要性不言而喻。它直接关系到招标项目的公正性、透明性和有效性。因此，无论由谁负责资格审查工作，都需要严格遵守相关法律法规和规章制度的要求，确保审查过程的合法性和合规性。

综上所述，对于您的问题，在公开招标和邀请招标中，资格审查不能由甲方代表直接进行，而应由采购人或采购代理机构负责。在非招标方式中，资格审查的主体可能有所不同，但同样需要遵循相关法律法规和规章制度的要求。