司法鉴定所未按照文件规定的方法进行鉴定，将面临行政处罚、民事责任承担以及可能的刑事责任追究，具体如下：
行政处罚：
- 根据《司法鉴定机构登记管理办法》和《司法鉴定人登记管理办法》的相关规定，司法鉴定机构或司法鉴定人若未按照规定的鉴定程序、方法或标准进行鉴定，省级司法行政机关有权视情节轻重给予警告、责令改正、停业整顿，甚至吊销《司法鉴定许可证》或《司法鉴定人执业证》等行政处罚。
- 例如，若司法鉴定机构在鉴定过程中未遵循相关技术规范或操作程序，导致鉴定结果不准确或存在重大偏差，司法行政机关将依法对其进行处罚。
民事责任：
- 如果司法鉴定机构的违规行为给当事人造成了损失，如因鉴定结果错误导致当事人遭受经济损失或名誉损害，当事人有权要求司法鉴定机构承担相应的民事赔偿责任。
- 在这种情况下，当事人可以通过民事诉讼途径，要求司法鉴定机构赔偿其因违规行为所遭受的损失。
刑事责任：
- 在极端情况下，如果司法鉴定机构的违规行为构成犯罪，如故意出具虚假鉴定报告，相关责任人员可能面临刑事责任的追究。
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，故意出具虚假证明文件，情节严重的，可能构成提供虚假证明文件罪，相关责任人员将受到刑事处罚。