保证合同中的保证期间6个月与诉讼时效3年存在多方面的区别，且各自有不同的用处，具体如下：
一、性质不同
保证期间：是义务期间，也被称为除斥期间。在这个期间内，保证人承担保证责任。一旦保证期间届满，保证人的保证责任即告消灭，债权人无法再要求保证人承担保证责任。
诉讼时效：是请求权消灭期间。它消灭的是债权人向法院申请强制债务人履行义务的请求权，但债权人的实体权利并不因此消灭。也就是说，即使诉讼时效届满，债权人仍然有权要求债务人履行义务，只是如果债务人提出诉讼时效抗辩，债权人可能无法通过法律途径强制债务人履行。
二、起算时间不同
保证期间：通常从债务履行期届满之时开始计算。如果债权人与保证人约定了保证期间，且该约定不违反法律规定，则按照约定计算；如果没有约定或者约定不明确，则保证期间为主债务履行期限届满之日起六个月。
诉讼时效：是从权利人知道或应当知道自己的权利受到损害之日起开始计算。对于保证合同而言，如果债权人在保证期间内向保证人主张了权利，则保证期间作用完结，诉讼时效制度开始起算。
三、是否可以自由约定不同
保证期间：可以由当事人约定，且约定期间优先于法定期间适用。这给了债权人和保证人一定的灵活性，可以根据实际情况协商确定保证期间。
诉讼时效期间：是法定的，不得由当事人另行约定。这是为了维护法律的稳定性和可预测性，防止当事人通过约定来规避法律规定的诉讼时效。
四、期限届满的法律后果不同
保证期间届满：保证责任免除，保证人不再承担保证责任。且保证期间不因任何事由发生中断、中止、延长的法律后果。这意味着，一旦保证期间届满，债权人就无法再要求保证人承担保证责任，无论在此期间内发生了什么事情。
诉讼时效届满：债权人只是丧失胜诉权，而不会导致债权的消灭。且诉讼时效可以中断也可以中止。在诉讼时效期间内，如果债权人采取了积极的法律行动（如起诉、仲裁等），则诉讼时效可以中断并重新计算；如果因为某些客观原因（如不可抗力等）导致债权人无法行使权利，则诉讼时效可以中止并在原因消除后继续计算。
五、保证合同诉讼时效的起算点不同
六、用处
保证期间：主要用处在于确定保证人承担保证责任的时间范围。它给了债权人一个明确的时间窗口来要求保证人承担保证责任，同时也保护了保证人不会无限期地承担保证责任。
诉讼时效：主要用处在于维护法律的稳定性和可预测性，以及保护债务人的合法权益。它防止了债权人无限期地拖延行使权利，同时也给了债务人一个合理的预期，即他们只需要在一定的时间内承担可能的法律责任。
举例说明：
假设有一个借款合同，借款期限为一年，保证期间约定为六个月（从借款到期之日起计算），诉讼时效为三年（从债权人知道或应当知道自己的权利受到损害之日起计算）。如果借款到期后一年内，债权人没有向保证人主张权利，那么保证期间届满，保证人不再承担保证责任。但是，如果债权人在借款到期后两年内（即在诉讼时效期间内）向债务人提起了诉讼，并且获得了胜诉判决，但是债务人没有履行判决，那么债权人仍然有权在诉讼时效期间内申请强制执行债务人的财产。
在实际操作中，债权人和保证人应当明确约定保证期间，并在保证期间内积极行使权利，以避免因为保证期间届满或诉讼时效届满而丧失权利。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。