当借款人约定的还款期限不明确时，确定保证期间主要依据《中华人民共和国民法典》的相关规定来进行。以下是对此问题的详细解答：
首先，我们需要明确的是，保证期间是确定保证人承担保证责任的期间，这个期间不会发生中止、中断和延长。在借款合同中，如果债权人与保证人对于保证期间有明确的约定，那么应当依照该约定来确定保证期间。
然而，当借款合同中约定的还款期限不明确，或者债权人与保证人对于保证期间没有约定或约定不明确时，法律提供了明确的判定规则：
若合同各方能够就担保期限达成进一步的补充协议：
- 在这种情况下，应当依照该份补充协议中所约定的期限来加以确认保证期间。
若无法达成补充协议：
- 根据《民法典》第六百九十二条的规定，保证期间视为六个月，自主债务履行期限届满的那一天开始计算。但这里有一个前提，即主债务履行期限需要有一个相对明确的界定。
- 当债权人与债务人对于主债务履行期限尚未作出任何约定或设定不清晰时，保证期间应当从债权人向债务人提出履行债务要求的宽限期限结束那一天算起。也就是说，债权人需要给债务人一个合理的宽限期来履行债务，保证期间则从这个宽限期结束之日起计算六个月。
特殊情况的处理：
- 如果债权人与保证人约定的保证期间早于主债务履行期限或者与主债务履行期限同时届满，那么这种约定被视为没有约定，同样适用上述六个月的规定。
- 在保证期间内，债权人需要按照规定的方式行使权利。对于一般保证，债权人需要在保证期间对债务人提起诉讼或申请仲裁；对于连带责任保证，债权人需要在保证期间请求保证人承担保证责任。否则，保证人将不再承担保证责任。
保证人免责的情形：
- 如果在保证期间内，债权人没有按照规定的方式向保证人主张权利，那么保证人将完全解除其所负担的保证责任。
综上所述，当借款人约定的还款期限不明确时，确定保证期间主要依据法律的规定和合同双方的补充协议。在没有明确约定或约定不明确的情况下，保证期间通常为主债务履行期限届满之日起六个月，或者从债权人请求债务人履行债务的宽限期届满之日起计算六个月。债权人需要在保证期间内按照规定的方式行使权利，否则保证人将不再承担保证责任。