借款时又签订土地承包经营权流转合同是否合法，需分情况讨论：

1. 若流转合同系真实意思表示且符合法定形式，则合法
   根据《农村土地承包法》第三十六条，承包方可以自主决定依法采取出租（转包）、入股或者其他方式向他人流转土地经营权。若双方在借款时明确约定以土地承包经营权流转作为担保或还款方式，且流转合同内容（如流转期限、价款、方式等）符合法律规定，并经发包方备案或同意（如涉及集体土地），则该合同具有法律效力。
   关键点：流转合同需独立于借款合同，双方需就土地流转达成真实合意，而非仅作为借款的“担保工具”。

2. 若流转合同实为“流质条款”，则可能无效
   若双方约定“借款人到期不还款，土地承包经营权自动归出借人所有”，此类条款因违反《民法典》第四百二十八条（流质条款禁止）而无效。但流转合同本身若符合其他要件，仍可能部分有效，仅流质部分无效。
   示例：甲向乙借款10万元，签订借款合同同时签订土地流转合同，约定“若甲未还款，土地归乙”，此约定无效；但若合同仅约定“甲可自愿将土地流转给乙抵债”，则可能有效。

3. 若流转合同存在欺诈、胁迫或显失公平，可撤销
   若出借人利用借款人急需资金，迫使对方签订明显不合理的流转合同（如价款远低于市场价），借款人可依据《民法典》第一百四十七条至第一百五十一条主张撤销合同。

4. 需注意土地用途限制
   根据《土地管理法》，土地承包经营权流转不得改变土地的农业用途。若流转后用于非农建设（如建房、开厂），则合同因违法而无效，还可能面临行政处罚。

建议：

• 签订流转合同时，务必明确流转目的、期限、价款及双方权利义务，避免与借款合同混同；
  
• 流转期限不得超过承包期的剩余期限；
  
• 涉及集体土地的，需经发包方同意或备案；
  
• 避免约定流质条款，可通过协商折价、拍卖等方式实现债权。
  

如有具体合同条款或案例细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况分析合法性及风险。