土地流转协议书签订16年是否有效，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、协议期限的合法性
法定最长流转期限：
- 根据《农村土地承包法》及相关规定，土地流转的期限不得超过承包期的剩余期限。例如，若原土地承包合同剩余期限为10年，则流转协议最长也只能为10年，超出部分无效。
- 若原承包合同剩余期限超过16年，且流转协议未违反其他强制性规定，则16年的流转期限在法律上可能是有效的。但需注意，具体最长流转期限可能因地区政策或承包合同类型而异，需结合当地规定判断。
协议内容的合法性：
- 流转协议需明确双方权利义务、流转方式、流转期限、流转价格及支付方式等关键条款。若协议内容合法、明确，且双方自愿签署，则协议在形式上具备法律效力。
- 若协议存在欺诈、胁迫、显失公平等情形，或违反法律、行政法规的强制性规定，则协议可能被认定为无效或可撤销。
二、协议履行的可行性
长期履行的风险：
- 土地流转协议期限较长（如16年），期间可能面临政策调整、市场变化、土地用途变更等风险。若协议未对这类风险作出合理约定，可能导致履行困难或纠纷。
- 例如，若流转土地用于农业种植，但期间因政策调整需转为非农用地，则流转协议可能无法继续履行。
续期与变更的可能性：
- 若流转期限届满前，双方有意继续合作，可协商续期或签订新的流转协议。但需注意，续期或变更需符合当时法律、政策规定，且不得损害第三方利益。
- 若因客观原因需变更协议内容（如流转价格、用途等），双方应协商一致并签订补充协议，以确保协议继续有效。
三、法律建议
审查原承包合同：
- 在签订土地流转协议前，务必审查原土地承包合同的剩余期限及条款，确保流转期限不超出承包期剩余期限。
明确协议条款：
- 流转协议应详细约定双方权利义务、流转期限、流转价格及支付方式、违约责任等关键条款，避免模糊或歧义。
关注政策变化：
- 土地流转涉及农业政策、土地管理法规等多方面规定，需关注政策变化并及时调整协议内容。
咨询专业律师：
- 土地流转协议涉及法律关系复杂，建议签订前咨询专业律师，确保协议合法有效并降低履行风险。
若您有关于土地流转协议的具体问题或需要进一步法律帮助，请直接向我咨询。我将结合您的实际情况，提供专业、全面的法律建议。