结论前置：公司以员工未使用自己手机考勤打卡为由拒发工资的行为，一般不合法，但需结合具体情形分析。以下是分情况说明：

1. 若公司考勤制度合法且已明确告知员工

• 制度合法性要求：根据《劳动合同法》第4条，公司规章制度需经民主程序（如职工代表大会讨论）制定，并公示或告知劳动者。若考勤制度（如“必须使用指定手机打卡”）已满足上述程序，且内容不违反法律强制性规定（如不侵犯隐私权），则对员工有约束力。
• 拒发工资的合法性：即使制度合法，公司也需证明员工“未打卡”行为属于“严重违反规章制度”的情形（如《劳动合同法》第39条）。若员工仅因未使用自己手机打卡（但实际出勤），而公司无法证明其旷工或故意违规，则拒发工资缺乏依据。
• 例外情形：若制度明确“未打卡视为旷工”且员工签字确认，但员工能证明实际出勤（如同事证言、工作记录），公司仍需支付工资，但可能扣除部分绩效。

2. 若公司考勤制度违法或未告知员工

• 制度违法性：若考勤制度要求员工使用个人手机打卡但未提供补贴，或强制安装可能泄露隐私的APP，可能违反《个人信息保护法》第6条（需征得个人同意）。此类制度无效，公司不得以此为由拒发工资。
• 未告知的后果：若公司未通过培训、签字等方式告知员工考勤制度，根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第50条，该制度对员工不产生约束力，公司需全额支付工资。

3. 员工实际出勤的举证责任

• 若员工主张已出勤但未打卡，需提供证据（如门禁记录、工作邮件、客户证明等）。根据《劳动争议调解仲裁法》第6条，劳动者对“已提供劳动”负有初步举证责任。若证据充分，公司不得以“未打卡”为由拒付工资。

4. 公司合法应对方式

• 公司若发现员工未打卡，应先核实出勤情况（如调取监控、询问同事），而非直接扣发工资。若确认员工旷工，可依据制度扣减工资（但每月扣减不得超过当月工资的20%，且剩余工资不得低于当地最低工资标准）。

建议：若您遇到此类情况，可先与公司协商，要求提供考勤记录和制度依据；若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，主张工资及可能的赔偿金。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。