交通事故中肇事车主垫付的费用，最终由事故责任方承担。具体承担方式需根据事故责任划分、保险情况以及相关法律法规来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、责任划分与费用承担
全责情况：
- 若肇事车主负全部责任，那么其垫付的费用需自行承担。这包括医疗费、护理费、交通费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入等。
部分责任情况：
- 若肇事车主只负部分责任，那么其垫付的费用需按责任比例承担。例如，若责任划分为三七开，肇事车主承担70%的责任，那么其垫付的费用中，70%的部分由其自行承担，剩余30%由其他责任方承担。
二、保险赔付与费用承担
交强险赔付：
- 在交强险的范畴内，由保险公司在责任限额内先进行赔付。若肇事车辆有交强险，保险公司会在责任限额内垫付抢救费等费用，之后再向致害人（即肇事车主）追偿。
- 交强险的责任限额包括死亡伤残赔偿限额、医疗费用赔偿限额和财产损失赔偿限额。在有责情况下，这些限额分别为18万、1.8万和2000元。
商业险赔付：
- 若肇事车辆有商业险（如第三者责任险），商业险保险公司在保险合同约定的范围内承担赔偿责任。这包括对事故中第三方人身伤亡和财产损失的赔偿。
- 商业险的赔付范围依据具体条款确定，通常会在保额范围内按责任比例赔偿。
三、特殊情况与费用承担
社会救助基金垫付：
- 在某些特殊情况下，如抢救费用超出交强险责任限额、肇事机动车未投保交强险或机动车肇事后逃逸等，道路交通事故社会救助基金可能会先行垫付受害人的丧葬费用、部分或全部抢救费用。之后，救助基金有权向责任人追偿。
无责方垫付：
- 若无责方垫付了费用，其有权向责任方索赔。这通常发生在责任认定尚未明确或肇事方拖延、无力支付的情况下。
四、法律建议与操作指南
及时报警与保留证据：
- 发生交通事故后，应及时报警并保留相关证据，如现场照片、视频、医疗记录等。这些证据对于后续的责任认定和费用承担至关重要。
协商与协议：
- 对于垫付的具体金额和方式，建议与对方协商并达成书面协议。这可以避免后续因费用承担问题产生的纠纷。
专业协助：
- 在处理交通事故时，建议尽快联系专业律师或法律机构。他们可以提供专业的法律建议和协助，确保您的权益得到保障。
举例说明：假设小张驾车与小李的车发生碰撞，小李受伤严重急需抢救。小张的车有交强险和商业三者险。在抢救过程中，小张垫付了部分费用。之后，交警出具事故责任认定书，认定小张负主要责任，小李负次要责任。那么，小张垫付的费用中，主要责任部分应由其自行承担（或通过其商业险赔付），次要责任部分则由小李承担。若小张的商业险保额足够，且符合赔付条件，那么保险公司会在保额范围内按责任比例赔付小张垫付的费用。
综上所述，交通事故中肇事车主垫付的费用最终由事故责任方承担。在处理此类问题时，应遵循相关法律法规，通过协商和专业协助确保自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。