清理违法种植的树木是否犯法，不能一概而论，需要分情况讨论：
若树木种植在合法宅基地或自有土地上，但种植行为本身违法（如违反地方性法规关于树种、种植间距等规定）：
- 在此情况下，清理这些违法种植的树木通常不构成犯法行为，因为这是对违法状态的纠正。但需要注意的是，清理行为应当合法合规，不能采用破坏性手段或侵犯他人权益的方式进行。例如，不能私自砍伐邻居家误种在自己宅基地上的树木，而应当通过合法途径解决，如协商、调解或诉讼等。
若树木种植在公共土地、他人土地或受保护的土地上（如自然保护区、风景名胜区等），且未经许可：
- 在此情况下，清理这些违法种植的树木可能涉及违法问题。因为这些土地上的树木可能受到法律保护，未经许可擅自清理可能构成对公共利益或他人权益的侵犯。例如，在自然保护区内违法种植的树木，即使种植行为本身违法，清理也需要经过相关部门的批准和监督，否则可能面临行政处罚或民事赔偿。
法律建议：
- 在清理任何树木之前，务必确认树木的种植地点和性质，以及是否获得了相关的许可或批准。
- 如果对树木的种植合法性存在疑问，建议先咨询当地林业部门、土地管理部门或相关法律机构，以获取准确的法律信息和指导。
- 清理树木时，应当遵守相关的法律法规和操作规程，确保清理行为的合法性和安全性。
可能的法律后果：
- 如果未经许可擅自清理违法种植的树木，且该树木受到法律保护或位于受保护的土地上，可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等。
- 如果清理行为导致他人财产损失或人身伤害，还可能承担民事赔偿责任，甚至面临刑事责任的追究。
因此，在处理违法种植的树木问题时，务必谨慎行事，确保自己的行为符合法律法规的要求。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。