非法代替公文签字是违法的，这一行为的违法性主要取决于签字人是否具有合法的授权或是否构成表见代理。以下从合法与违法两种情况，以及可能产生的法律后果进行详细分析：
一、合法情况
有合法授权：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体可以通过代理人实施民事法律行为。若代替签字的人获得了公文相关方的明确授权（如书面授权委托书），且在授权范围内签字，则该行为合法有效。例如，公司法人因故无法签字，出具授权委托书给总经理，总经理在授权范围内代替签字，该公文对公司具有法律效力。
构成表见代理：
- 即使无实际授权，但若相对人有理由相信行为人有代理权（如长期代表相关方处理事务形成交易习惯），则构成表见代理，签字行为有效。不过，这种情况在公文签字中较为少见，因为公文签字通常要求更为严格的授权程序。
二、违法情况
未经授权的签字：
- 若未获得公文相关方任何形式的授权，私自代替签字，属于无权代理。根据《中华人民共和国民法典》的规定，无权代理的行为未经被代理人追认，对被代理人不发生效力。若事后相关方未追认，签字行为对相关方不产生法律效力，责任由签字人承担。例如，普通员工擅自代替法人在重要公文上签字，相关方可以拒绝承认该公文的效力。
签字用于非法目的：
- 若代替签字是为了欺诈、谋取不正当利益等非法行为，不仅违法，还可能构成犯罪。例如，伪造公文相关方的授权委托书进行签字，以骗取某种利益，将承担刑事责任。
三、违法后果
民事责任：
- 若代替签字导致公文无效或给对方造成损失，签字人需承担民事赔偿责任，包括直接损失和间接损失。例如，因代替签字导致的合同违约，签字人可能需要赔偿对方因此遭受的损失。
行政责任：
- 在某些行政领域，代替公文签字可能违反相关规定，面临行政罚款等处罚。例如，在税务申报、政府审批等公文签字中违规代替，可能受到行政机关的处罚。
刑事责任：
- 若代替签字行为构成欺诈、伪造公文等犯罪，将依法追究刑事责任。例如，伪造公文签字进行诈骗活动，将受到刑法的严厉制裁。
四、建议与防范措施
- 确认代理权限：在代替公文相关方签字前，务必确保具有合法授权或符合表见代理条件。可以通过查阅授权委托书、询问相关方等方式进行确认。
- 咨询法律意见：如有疑问或不确定签字行为的合法性，应及时咨询专业法律人士的意见，以确保签字行为的合法性。
- 加强内部管理：相关方应明确授权程序和签字权限，防止擅自代替签字的行为发生。同时，可以建立签字审核机制，对公文签字进行严格把关。
总结来看，非法代替公文签字是违法的，可能引发一系列法律责任。因此，在进行公文签字时，务必确保具有合法授权或符合表见代理条件，以避免不必要的法律风险。如果您在公文签字方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。