企业通过费用报销的方式支付员工手续费，这一做法是否合法，需根据具体情况进行判断，但通常这种做法存在较大的法律风险，并不被推荐。以下从不同角度进行分析：

1. 从工资支付的角度

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。手续费若属于员工应得的劳动报酬的一部分，企业应当通过正常的工资支付渠道进行支付，而非通过费用报销的方式。费用报销通常用于支付员工因工作产生的实际费用，如差旅费、业务招待费等，并不适用于支付劳动报酬。

法律风险：若企业将手续费作为费用报销支付，可能被视为未按时足额支付劳动报酬，从而面临劳动监察部门的处罚，甚至可能引发劳动争议。

2. 从税务合规的角度

费用报销通常需要提供相应的发票或凭证，以证明费用的真实性和合理性。若企业将手续费作为费用报销支付，但无法提供合法的发票或凭证，或者报销的费用与实际业务不符，可能涉嫌偷逃税款。

法律风险：税务机关可能对企业进行税务稽查，若发现偷逃税款行为，企业将面临补缴税款、加收滞纳金、罚款等法律后果，甚至可能涉及刑事责任。

3. 从合同约定的角度

若企业与员工在劳动合同或相关协议中明确约定了手续费的支付方式和标准，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么企业按照约定通过费用报销的方式支付手续费，可能在一定程度上被视为合法。但即便如此，企业也需确保报销流程的合规性和透明度，避免引发争议。

建议：即使合同中有相关约定，企业也应考虑通过更合规的方式支付手续费，如设立专门的费用科目、完善报销流程等，以降低法律风险。

4. 合规建议

• 明确费用性质：企业应首先明确手续费的性质，若属于劳动报酬的一部分，应通过工资支付渠道进行支付。
• 完善报销流程：若手续费确实属于因工作产生的实际费用，企业应完善报销流程，确保报销费用的真实性和合理性，并提供合法的发票或凭证。
• 遵守法律法规：企业应严格遵守《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国税收征收管理法》等相关法律法规，避免因违规操作而引发法律风险。

总结：企业通过费用报销的方式支付员工手续费，通常存在较大的法律风险。为了确保合规性，企业应明确费用性质，完善报销流程，并严格遵守相关法律法规。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。