巡查组（这里理解为巡视组等类似监督机构）转交的信访件，基层单位在受理并寄出受理告知书后，理论上应在规定时间内回复当事人，但现实中确实存在超期不回复的可能性。以下是对此问题的详细分析：

一、规定时间内的回复要求

1. 一般信访件答复期：

   • 根据《信访条例》等相关规定，一般信访件的答复期通常为15天。这意味着，在正常情况下，基层单位应在收到信访件后的15天内给予当事人答复。

2. 巡视组交办件的特殊要求：

   • 对于巡视组交办的信访件，由于往往涉及更为重要或复杂的问题，因此通常要求在60天内办结，并可根据实际情况延长至90天。这一要求体现了对巡视组交办件的高度重视和严格办理时限。

二、超期不回复的可能原因

1. 案件复杂性：

   • 如果所反映的问题存在一定的复杂性，如涉及多个部门、需要深入调查等，那么在法定时限内可能无法完成处置，从而导致超期回复。

2. 处置部门资源有限：

   • 处置部门可能面临案多人少等客观因素影响，导致无法及时处理所有信访件，进而出现超期回复的情况。

3. 处置部门态度问题：

   • 有些办理单位可能存在只对上负责、不对下负责的错误观念，或者对信访工作不够重视，从而在处理信访件时拖延时间，甚至不理会信访人。

三、应对超期不回复的措施

1. 向上一级机关申请复查：

   • 如果基层单位超期未答复，当事人可以向原单位的上一级机关申请复查。复查机关应在30日内给予答复。

2. 向复查机关的上一级申请复核：

   • 如果当事人对复查结果不满意，还可以向复查机关的上一级申请复核。

3. 向巡视组或上级纪委反映：

   • 当事人也可以向巡视组或上级纪委反映超期情况。例如，某些地方的纪委设有专线督办省委巡视组交办件，以确保信访件得到及时处理。

4. 依据党纪处分条例进行举报：

   • 根据党纪处分条例的相关规定，对于巡视交办的事项敷衍塞责、不作为、慢作为，严重损害群众利益或造成不良影响的，可以追究其党纪的责任。因此，当事人可以选择向当地的纪委监委举报和控告。

四、法律建议

• 密切关注处理进度：当事人应密切关注基层单位在通知书截止的时间内是否如其回复。如超时未回复，则要主动询问情况，要求解释超时原因。
• 保留相关证据：在处理过程中，当事人应保留好所有与信访件相关的证据，如受理告知书、申请复查或复核的材料等，以备不时之需。
• 及时寻求法律帮助：如果当事人对处理结果不满意或遇到超期不回复的情况，可以及时向我这样的专业律师寻求法律帮助，以维护自己的合法权益。

总结来看，虽然理论上基层单位应在规定时间内回复当事人，但现实中确实存在超期不回复的可能性。当事人应了解自己的权利和应对措施，并在必要时寻求法律帮助。