当持有摩托车驾驶证的驾驶人发生事故时，应按照以下流程处理：
一、确保安全与保护现场
立即停车：根据《中华人民共和国道路交通安全法》的规定，发生事故后应立即停车，并开启危险警示灯，以确保自身和其他道路使用者的安全。
保护现场与救治伤员：若事故中有人员受伤，应迅速拨打120急救电话，并拨打122报警电话报告事故情况。同时，在不影响交通秩序的情况下，设置警告标志，保护现场，并拍照留证，记录事故现场的详细情况。
二、报警与配合调查
报警处理：若事故未造成人身伤亡，且当事人对事实及成因无争议，可协商后撤离现场，自行协商处理损害赔偿事宜。否则，应迅速报告执勤的交通警察或公安机关交通管理部门。
提供证件信息：在等待交警到达现场的过程中，应准备好驾驶证、行驶证、车辆保险信息等相关证件，以便交警核实身份和车辆信息。
三、事故责任划分
交警会根据现场勘查、调查取证以及相关法律法规，对事故责任进行认定。责任划分主要依据当事人的行为对事故发生的作用以及过错的严重程度，可能包括全部责任、主要责任、同等责任、次要责任和无责任。
四、后续处理与赔偿
接受处罚：如果驾驶人在事故中有违法行为，如违反交通信号、超速行驶等，将依法接受相应的行政处罚。
民事赔偿：根据事故责任认定结果，驾驶人需承担相应的民事赔偿责任。赔偿范围包括医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入。若造成残疾或死亡，还应赔偿辅助器具费、残疾赔偿金、丧葬费和死亡赔偿金等。
保险理赔：如果车辆购买了保险，驾驶人可以向保险公司申请理赔。但需要注意的是，保险公司可能会根据事故责任认定结果和保险条款来确定赔偿金额。
五、注意事项
确保车辆手续齐全：驾驶人应确保摩托车合法上牌、年检等手续齐全，否则可能面临额外的行政处罚。
及时申请复核：如果当事人对道路交通事故认定有异议，可以在收到认定书之日起三日内向上一级公安机关交通管理部门提出书面复核申请。
综上所述，持有摩托车驾驶证的驾驶人在发生事故后，应迅速采取正确的现场处理措施，并配合交警调查和处罚。同时，需积极承担民事赔偿责任，并了解保险理赔的相关政策。在整个处理过程中，应确保自身和他人的安全，并严格遵守相关法律法规。