如果错过了法院案件受理费的付款时间，您可以按照以下步骤来妥善处理这个问题：

首先，及时与法院进行沟通是非常重要的。您应该主动联系法院，向他们说明您超期缴纳案件受理费的具体原因，并强调这并非是您故意拖欠费用。通过积极的沟通，法院可能会更理解您的情况，并给出相应的指导或建议。

其次，根据《诉讼费用交纳办法》等相关法律法规的规定，如果您因为某些特殊情况（如经济困难、突发疾病等）确实无法按时缴纳案件受理费，您可以申请缓交、减交或者免交。为此，您需要准备一份书面申请，详细阐述您的经济状况以及所面临的特殊困难。这份申请将提交给法院进行审查，法院会根据您的实际情况来决定是否批准您的申请。

如果您的缓交、减交或免交申请未能获得法院的批准，那么您应该尽快缴纳案件受理费。您可以通过法院指定的缴费渠道进行补缴，以确保费用能够及时到账。避免因为费用未缴纳而导致案件审理程序受阻，进而影响您的诉讼权益。

最后，需要特别提醒的是，如果您超期未缴纳案件受理费且未采取任何补救措施，法院可能会按照撤诉处理或者作出其他不利于您的决定。因此，您务必重视案件受理费的缴纳期限，及时履行缴费义务，以保障诉讼程序的顺利推进，并维护自身的合法权益。

希望以上建议能够对您有所帮助。如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的帮助，请随时与法院联系或咨询专业的法律人士。