针对您提出的“经营部虚开两万发票怎么处罚”的问题，我将结合相关法律法规和司法实践，为您详细解答。

首先，我们需要明确的是，虚开发票是一种违法行为，无论虚开的金额大小，都会受到法律的制裁。对于虚开两万发票的情形，其处罚会依据发票的类型（增值税专用发票或普通发票）以及虚开的具体情节来判定。

一、虚开增值税专用发票

1. 立案追诉标准： 根据相关规定，虚开增值税专用发票，或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，当虚开的税款数额达到二万元以上时，就会被立案追诉。这意味着，一旦经营部虚开增值税专用发票且税款数额超过两万，相关部门就会介入调查。

2. 法律规定量刑： 依据《刑法》的相关规定，若虚开税款数额较大，或者存在其他严重情节，会被判处三年以上十年以下有期徒刑，同时要并处五万元以上五十万元以下罚金。对于虚开两万多发票的情形，通常量刑会在三年以下有期徒刑或者拘役这个幅度内，并且可能会处以二万元以上二十万元以下罚金。

3. 综合量刑因素： 法院在量刑时，不会只看虚开发票的金额，还会综合考量多种因素，如犯罪嫌疑人是否有自首、立功、坦白等可以从轻、减轻处罚的情节；以及是否有退赃退赔、补缴税款等悔罪表现。

二、虚开普通发票

1. 一般处罚： 虚开普通发票2万元，一般处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金。

2. 情节特别严重： 如果虚开普通发票的行为致使国家税款被骗数额特别巨大，或者存在其他特别严重的情节，那么处罚将会更重，可能处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

3. 税务行政处罚： 除了刑事处罚外，虚开普通发票还可能面临税务行政处罚。税务机关可处以罚款，具体金额根据虚开金额和情节轻重而定。对于虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款。

三、具体案例与启示

以小朱为例，他为了获取更多利益，在没有真实交易的情况下，让朋友为其虚开增值税专用发票，虚开的税款数额达到了两万五千元。税务机关在税务检查中发现了这一情况，随后将案件移交公安机关处理。小朱被依法逮捕，案件进入司法程序。最终，法院会根据小朱的具体情节，如是否有自首、立功、坦白等从轻、减轻情节，以及是否退赃退赔、补缴税款等悔罪表现，来确定具体的刑罚。

四、建议与总结

1. 遵守法律法规： 经营部应严格遵守国家税收法律法规，不得虚开发票，以免触犯法律红线。

2. 加强内部管理： 经营部应建立健全内部财务管理制度，确保发票的真实性和合法性。

3. 及时咨询与整改： 如果经营部在税务方面存在疑问或问题，应及时咨询税务机关或专业律师，并积极进行整改，以避免不必要的法律风险。

综上所述，虚开两万发票的处罚会依据发票类型和虚开情节来判定，可能涉及刑事处罚和税务行政处罚。因此，经营部应严格遵守法律法规，加强内部管理，确保合法经营。