针对您提出的“违法经营客运站怎么处罚”的问题，我将根据《道路旅客运输及客运站管理规定》及相关法律法规，为您详细解答。

首先，需要明确的是，违法经营客运站的行为通常指的是超越许可事项从事客运站经营，或者未取得相应许可而擅自经营客运站。对于这类行为，县级以上道路运输管理机构有权进行行政处罚。

处罚措施主要包括以下几个方面：

1. 责令停止经营：一旦发现违法经营客运站的行为，道路运输管理机构会首先责令其停止经营，以防止违法行为继续扩大。

2. 没收违法所得：如果违法经营者通过违法经营获得了收益，那么这部分收益将被没收。

3. 罚款：

   • 如果有违法所得，将处以违法所得2倍以上10倍以下的罚款。
   • 如果没有违法所得或者违法所得不足1万元，将处以2万元以上5万元以下的罚款。

4. 构成犯罪的，依法追究刑事责任：如果违法经营行为严重到构成犯罪的程度，那么相关责任人将被依法追究刑事责任。

处罚流程通常包括以下几个步骤：

1. 调查：交通运输执法人员会对违法行为进行调查取证，确保调查过程全面、客观、公正。

2. 立案：在初步调查后，对收集的证据材料进行审查，决定是否立案。

3. 审查：对违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度等方面进行审查，并提出处理意见。

4. 告知：在作出处理决定前，会书面告知当事人违法事实及其享有的陈述、申辩等权利。

5. 决策与决定：根据审理情况决定是否予以行政处罚，并制作《行政处罚决定书》，载明违法事实和证据、处罚依据和内容等。

6. 送达与执行：将相关法律文书送达当事人，并监督当事人在决定的期限内履行生效的处罚决定。

特别提醒：

• 道路运输管理机构工作人员在执行公务时，必须严格遵守法律法规和程序规定，否则将依法给予行政处分或追究刑事责任。
• 客运经营者应严格遵守《道路旅客运输及客运站管理规定》，不得有超越许可事项经营、不按照批准的配客站点停靠等违法行为，否则将面临相应的行政处罚。

综上所述，违法经营客运站将面临严厉的行政处罚，包括责令停止经营、没收违法所得、罚款以及可能构成的刑事责任。因此，建议客运经营者严格遵守相关法律法规，确保合法经营。