如果行为人不明知女方只有13岁，但在特定情况下仍可能被立案。以下是对此问题的详细分析：
一、法律对性侵未成年人的规定
根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，与未满14周岁的幼女发生性关系，无论幼女是否自愿，均构成强奸罪。这是因为法律认为幼女缺乏足够的性自主意识和能力，需要特别保护。这一规定体现了法律对未成年人的特殊保护原则。
二、不明知女方年龄的情况分析
主观明知的要求：
- 在刑事案件中，主观明知是构成犯罪的重要要素之一。对于性侵未成年人的案件，行为人是否明知女方的年龄是关键。
- 如果行为人确实不明知女方只有13岁，且没有其他证据表明其应当明知，那么从主观上讲，其可能不具备强奸罪的故意。
可能被立案的情况：
- 应当明知而未明知：尽管行为人声称不明知，但如果根据其行为、环境、常识等因素，应当能够推断出女方可能是未成年人，而行为人未尽到合理的注意义务，那么仍可能被认定为“应当明知”。
- 证据显示明知：如果存在其他证据，如行为人之前的陈述、行为模式、与未成年人的交往历史等，表明其实际上明知女方的年龄，那么即使其现在否认，也可能被立案。
- 特殊情境下的推定：在某些特殊情境下，如行为人通过非法手段获取性服务，或者与多名未成年人发生性关系等，法律可能会推定其明知对方的年龄，从而构成犯罪。
立案的法律依据：
- 公安机关在接到报案或发现犯罪线索后，会进行初步调查。如果认为有犯罪事实需要追究刑事责任，且属于自己管辖的范围，就会立案侦查。
- 在性侵未成年人的案件中，即使行为人声称不明知女方年龄，公安机关也会根据收集到的证据进行综合判断，决定是否立案。
三、法律建议
- 增强法律意识：行为人应增强法律意识，了解与未成年人发生性关系的法律后果，避免涉及此类风险。
- 谨慎交往：在与他人交往时，特别是与未成年人交往时，应保持谨慎态度，确保自己的行为合法合规。
- 及时咨询：如果涉及此类问题或面临相关指控，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律后果。
如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。