在公司的执行案子中，案款一般应直接打入公司账户，而非公司指定的自然人账户。以下是对此问题的详细分析：

一. 案款支付的原则

1. 公司法人独立性：根据《公司法》的相关规定，公司具有法人资格，独立享有民事权利和承担民事义务。因此，公司的案款应当直接支付给公司，而不是其他自然人或实体。
2. 执行程序的规范性：在执行程序中，法院或执行机构通常会要求将案款支付到指定的公司账户，以确保资金的合规性和可追溯性。

二. 特殊情况的考量

1. 法院裁定：如果法院在执行过程中有特别裁定，允许将案款支付给公司指定的自然人账户，那么可以遵循法院的裁定进行操作。但这种情况较为罕见，且必须有明确的法律依据和法院裁定。
2. 公司内部授权：在某些情况下，公司可能通过内部授权程序，允许特定自然人代表公司接收案款。但这种授权通常需要在执行程序开始前就已经明确，并且需要得到执行机构或法院的认可。

三. 风险与后果

1. 资金安全风险：将案款打入公司指定的自然人账户，可能会增加资金被挪用或侵占的风险。一旦资金出现问题，追回难度将大大增加。
2. 法律后果：如果未经法院或执行机构同意，擅自将案款支付给自然人，可能会构成执行程序中的违规行为，甚至可能面临法律责任。

综上所述，我建议在公司执行案子中，应严格按照执行程序的要求，将案款直接打入公司账户。如果确实存在特殊情况需要支付给自然人，应事先咨询执行机构或法院，并确保有明确的法律依据和裁定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。