法院判决没收被告人农村宅基地及房子的份额后，其执行方式一般遵循以下步骤和原则：

一、明确权益范畴

首先，需要明确各个份额所有者的具体权益范畴以及对应的部分。这包括确定被告人所占的宅基地及房子的具体份额，以及这些份额在法律上的具体权益。

二、协商分割与使用

1. 协商分割：如果各方能够达成一致意见，可以依照协商的结果进行分割和使用。这通常涉及对宅基地和房子的实际划分，或者通过其他方式（如出租、共同使用等）来实现权益的分配。
2. 协商使用：在协商过程中，各方可以就宅基地和房子的使用方式、管理责任等事项进行约定，以确保权益的合理实现。

三、实物分割

如果协商不成，且实物分割可行，那么可能会采取实物分割的方式。这需要根据房屋的实际结构和布局，将各自对应的区域划分出来。例如，如果房子有多个房间或楼层，可以按照份额比例进行划分。

四、作价补偿

1. 评估价值：如果实物分割不可行，或者各方不同意实物分割，那么可能会采取作价补偿的方式。这需要对宅基地和房子进行评估，以确定其市场价值。
2. 经济补偿：在评估价值的基础上，由其中一方获得宅基地和房子的所有权，然后对其他份额的所有者给予经济上的补偿。补偿的金额通常根据评估价值和份额比例来确定。

五、办理产权变更登记

在执行过程中，还需要办理相关的产权变更登记手续。这包括向相关部门提交申请材料，如判决书、评估报告、身份证明等，以完成产权的变更登记。只有办理了产权变更登记手续，才能确保各方的权益得到法律的有效保障。

六、考虑宅基地政策限制

需要特别注意的是，宅基地房屋的执行可能会受到宅基地相关政策的限制和影响。例如，在一些农村地区，由于宅基地政策的特殊性，对于房屋的分割和执行可能会有诸多限制。因此，在执行过程中，必须充分考虑宅基地政策的相关规定，确保执行行为的合法性和有效性。

七、执行中的法律保障

在执行过程中，如果遇到任何法律问题或争议，可以寻求法律援助或咨询专业律师。律师可以提供法律意见和帮助，确保执行行为的合法性和有效性。同时，如果执行行为违反了法律规定或侵害了他人的合法权益，受害人也可以依法向法院提起诉讼或申请强制执行来维护自己的权益。

如果您在执行过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况和需求，提供专业的法律意见和帮助。