原件丢失，只有复印件的情况下，仍然可以申请对公章的真伪进行鉴定。以下是对此问题的详细分析：

一、复印件鉴定的法律依据与可行性

根据《司法鉴定程序通则》第十二条，委托人委托鉴定时，应当向司法鉴定机构提供真实、完整、充分的鉴定材料，并对鉴定材料的真实性、合法性负责。虽然该条款并未直接提及复印件的鉴定，但司法实践中，复印件是可以作为鉴定材料的，前提是复印件必须真实、完整，且在法庭质证阶段经法庭以及对方核对，确认与原件一致。因此，在原件丢失的情况下，如果复印件能够满足这些条件，仍然可以申请对公章的真伪进行鉴定。

二、复印件鉴定的注意事项

1. 复印件的真实性与完整性：

   • 复印件必须真实反映原件的内容，不得有篡改、伪造等情形。
   • 复印件应当完整，不得有缺失或损坏的部分，以免影响鉴定的准确性。

2. 法庭质证与核对：

   • 在诉讼过程中，复印件必须经过法庭质证，即双方当事人对复印件的真实性、合法性进行确认。
   • 如果对方对复印件的真实性提出异议，可能需要提供其他证据来佐证复印件的真实性。

3. 鉴定机构的资质与要求：

   • 选择具有相应资质的司法鉴定机构进行鉴定，以确保鉴定结果的准确性和权威性。
   • 鉴定机构可能会对复印件的鉴定提出特定的要求或限制，如需要提供原件的对比样本等。

三、实际操作中的建议

1. 尽可能寻找原件：

   • 在可能的情况下，尽量寻找原件进行鉴定，以提高鉴定的准确性和可靠性。

2. 完善复印件的证据链：

   • 如果无法找到原件，应当尽可能完善复印件的证据链，如提供其他相关证据来佐证复印件的真实性。

3. 咨询专业律师：

   • 在进行复印件鉴定前，建议咨询专业律师，了解具体的法律程序和注意事项，以确保鉴定的顺利进行和结果的合法有效。

原件丢失，只有复印件的情况下，仍然可以申请对公章的真伪进行鉴定。但需要注意的是，复印件的鉴定可能面临一些挑战和限制，因此在实际操作中需要谨慎处理。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。