当您在网购过程中遇到商家缺货的情况时，您可以按照以下步骤来申请赔偿，以维护自己的合法权益：

一、查看购物合同

首先，您需要仔细查看与商家之间的购物合同或交易条款。在大多数情况下，消费者与商家之间的交易会构成一种合同关系。如果合同中明确规定了商家缺货时的赔偿条款，比如按商品价款的一定比例（如20%）进行赔偿，那么您就可以依据该条款来要求商家支付相应的赔偿金。

二、与商家协商

在发现商家缺货后，您应及时与商家取得联系，说明情况并明确提出您的赔偿要求。在沟通过程中，建议您保留好聊天记录、通话录音等证据，以便在后续需要时能够证明双方的沟通过程和内容。

三、收集证据

为了支持您的赔偿要求，您需要准备好一系列相关证据，包括但不限于：

• 订单截图：证明您与商家之间的交易关系。
• 付款凭证：证明您已经支付了货款。
• 与商家的沟通记录：证明您已经向商家提出了缺货问题并要求赔偿。

这些证据将有助于您在后续维权过程中证明交易的存在以及商家缺货的事实。

四、维权途径

如果与商家协商无果，您可以通过以下途径来维护自己的权益：

1. 向电商平台投诉：大多数电商平台都设有投诉机制，您可以向平台提供相关证据，要求平台介入处理并协助您获得赔偿。

2. 向消费者协会或相关监管部门投诉：您可以拨打消费者协会的投诉电话或向相关监管部门（如市场监管部门）进行投诉，请求他们协助解决纠纷。

3. 法律诉讼：如果损失较大或与商家无法协商解决，您可以考虑通过法律诉讼来维护自己的权益。您可以向法院提起诉讼，要求商家承担违约责任并支付赔偿金。

五、赔偿金额的确定

关于赔偿金额的确定，这通常取决于您与商家之间的约定、相关法律规定以及电商平台的规则。如果合同中有明确约定，则按照约定执行；如果没有约定，则根据《中华人民共和国消费者权益保护法》等相关法律规定，商家构成违约时，您可要求其承担违约责任，一般可要求退款，并可主张因缺货造成的额外损失（如交通费、误工费等）。此外，电商平台也可能有自身规则，如规定商家缺货需向消费者支付商品价款一定百分比的违约金。

综上所述，当您遇到网购商家缺货的情况时，应首先查看购物合同、与商家协商并收集证据。如果协商无果，则可以通过向电商平台投诉、向消费者协会或相关监管部门投诉以及法律诉讼等途径来维护自己的权益。