公司有违法行为时，仍然可以进行主体变更，但会面临严格的审查和诸多限制。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律层面分析

从法律条文来看，我国《中华人民共和国市场主体登记管理条例》等相关法律法规并未明确禁止存在违法行为的公司进行主体变更，如股权转让、合并、分立等。这意味着，只要公司符合主体变更的基本条件和程序要求，即便存在违法行为记录，也不妨碍其进行主体变更的申请。但关键在于，公司必须确保内部决策程序合法合规，且提交的申请材料齐全、符合法定形式。

二、变更程序与注意事项

1. 内部决策程序：公司应依据公司章程规定召开股东会或董事会，并形成有效的变更决议。这是主体变更的前提和基础。

2. 准备申请材料：公司需准备必要的文件材料，包括但不限于变更登记申请书、新主体（如新股东、合并后的公司等）的身份证明及任职文件等。这些材料必须真实、合法、有效。

3. 提交申请并等待审核：公司应向公司登记机关提交申请，并等待审核通过。在此过程中，公司应积极配合登记机关的审查工作，及时提供补充材料或说明情况。

特别注意事项：

• 违法行为的影响：虽然法律未明确禁止存在违法行为的公司进行主体变更，但违法行为可能会对变更进程产生负面影响。例如，税务违规可能引发税务清算困难，未解决的法律问题则可能阻碍工商变更登记。

• 潜在收购方的审慎态度：潜在收购方一旦获知企业存在严重违法行为，其对于交易可能会变得更为审慎。这可能会影响到整个变更进程，甚至导致交易失败。

三、违法行为对变更的具体影响及处理方式

1. 未处理违法行为的后果：

   • 若公司在变更主体前存在未处理的违法行为，这可能会对公司的信誉造成负面影响，并可能限制公司的正常经营活动，如在行政审批、招投标项目中遭遇障碍。
   • 重要的是，即使主体发生变更，公司作为独立的法人主体，其承担法律责任（包括缴纳罚款、赔偿损失等）的义务并不因此免除。公司必须继续履行相关义务，以确保合规经营。

2. 违法行为的处理与后续影响：

   • 在变更主体之前，若公司有未处理的违法行为，建议先处理完毕。这是因为未处理的违法行为不仅可能影响变更进程，还可能对公司未来的业务活动构成阻碍。
   • 若违法行为是因原主体（如原股东、管理层等）的违法违规行为导致，变更后，相关部门可能会对原主体的违法行为进行进一步调查。根据调查结果，原主体可能仍需承担个人法律责任。
   • 特别注意的是，如果公司因违法行为被处罚，且在处罚决定作出后未满一定期限（如三年），或者案件仍在调查处理中，此期间通常不允许进行主体变更。这是为了确保法律责任的连续性和可追溯性。

四、法律建议

1. 全面审查自身情况：公司在考虑进行主体变更时，应全面审查自身是否存在未处理的法律事务，特别是违法行为问题。只有确保公司“尾巴”处理干净，才能顺利进行主体变更。

2. 积极配合审查工作：在变更过程中，公司应积极配合登记机关的审查工作，及时提供补充材料或说明情况。这有助于加快变更进程，减少不必要的延误。

3. 咨询专业法律顾问：由于主体变更涉及复杂的法律问题和程序要求，建议公司咨询专业法律顾问。法律顾问可以提供全面的法律服务和指导，确保变更过程的合法性与顺利性。

总结来看，虽然公司有违法行为时仍然可以进行主体变更，但会面临严格的审查和诸多限制。因此，公司在考虑进行主体变更时，应谨慎评估自身情况，并积极采取措施处理未了的法律事务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。