针对您提出的“事业单位法人证书注销后原投资怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，当事业单位法人证书被注销时，这通常意味着该事业单位已经完成了其使命或因某种原因被撤销、解散。在此情况下，原投资的处理需要遵循相关的法律法规和程序。
一、清算程序
根据《事业单位登记管理暂行条例》及相关规定，事业单位在办理注销登记前，应当在审批机关的指导下成立清算组织，完成清算工作。清算组织的主要任务是清理事业单位的财产、债权和债务，确保所有财务事项得到妥善处理。
二、原投资的处理
资产清算：清算组织会对事业单位的所有资产进行清算，包括固定资产、流动资产、无形资产等。这些资产将按照清算方案进行处置，可能包括出售、转让、报废等。
债务清偿：在清算过程中，清算组织会优先清偿事业单位的债务。这包括向债权人支付应付款项、偿还借款等。
剩余资产分配：在清偿完所有债务后，如果事业单位还有剩余资产，这些资产将按照相关规定进行分配。对于原投资部分，如果投资是来自于特定的投资者或捐赠者，并且有明确的约定或规定，那么剩余资产可能会按照这些约定或规定进行分配。如果没有明确的约定或规定，剩余资产可能会上缴国库或按照其他相关规定进行处理。
三、特殊情况的处理
如果事业单位在注销前已经进行了转制或改制，例如从事业单位转制为企业，那么原投资的处理可能会受到转制或改制方案的影响。在这种情况下，需要按照转制或改制方案中的规定来处理原投资。
四、注意事项
遵循法律法规：在处理原投资时，必须严格遵循相关的法律法规和程序，确保所有操作合法合规。
保护投资者权益：如果原投资来自于特定的投资者，需要确保他们的权益得到保护，按照约定或规定进行资产分配。
透明公开：清算过程和资产分配应该透明公开，接受相关部门的监督和审计。
综上所述，事业单位法人证书注销后原投资的处理需要遵循清算程序，确保资产清算、债务清偿和剩余资产分配的合法合规。同时，还需要考虑特殊情况的处理和注意事项，以保护投资者权益和确保操作的透明公开。如果您在具体操作过程中遇到任何问题或需要进一步的帮助，请随时咨询相关部门或专业人士。