竞买人违约时，保证金一般归拍卖公司收取，但具体处理需依据合同约定和法律规定，剩余部分在弥补拍卖公司损失后可能归委托单位所有。以下是对此问题的详细分析：
一、保证金收取的一般原则
在拍卖过程中，竞买人通常需要预交保证金作为参与竞买的担保。当竞买人违约时，根据拍卖行业的惯例和《拍卖法》的相关规定，拍卖公司有权收取违约后的保证金。这是因为竞买人违约直接影响了拍卖活动的正常进行，拍卖公司为此付出了人力、物力和财力，有权要求违约方承担相应的责任。
二、保证金的具体处理
合同约定优先：
- 如果拍卖公司与竞买人、委托单位在合同中明确约定了保证金的退还条件和方式，那么应优先按照合同约定执行。例如，合同可能约定在竞买人违约时，保证金归拍卖公司所有，或者拍卖公司在扣除相关费用后将剩余部分退还给委托单位。
弥补拍卖公司损失：
- 根据《拍卖法》第三十九条的规定，买受人（竞买人）未按照约定支付拍卖标的价款的，应当承担违约责任。拍卖公司有权从保证金中扣除因竞买人违约而造成的损失，包括但不限于拍卖活动的组织费用、宣传费用等。
- 如果保证金在弥补拍卖公司损失后仍有剩余，那么剩余部分的处理需依据合同约定或法律规定。在无特别约定的情况下，剩余部分可能归委托单位所有，因为委托单位是拍卖标的的所有者，且因竞买人违约而遭受了潜在的经济损失。
拍卖公司继续追偿：
- 如果保证金不足以弥补拍卖公司的损失，拍卖公司有权继续向违约的竞买人主张赔偿。这包括但不限于要求竞买人支付额外的违约金、赔偿因二次拍卖而产生的费用等。
三、特殊情况说明
- 委托拍卖合同另有约定：如果委托单位与拍卖公司在签订的委托拍卖合同中明确约定了保证金的退还条件和方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么应优先按照合同约定执行。
- 拍卖活动被撤销或无效：如果拍卖活动因故被撤销或认定为无效，且竞买人无过错，那么拍卖公司应将保证金全额无息退还给竞买人。
四、法律建议
- 明确合同约定：为了避免因保证金处理而产生的纠纷，委托单位、拍卖公司和竞买人应在合同中明确约定保证金的退还条件和方式。这有助于在发生违约时，各方能够依据合同约定迅速、公正地处理问题。
- 保留相关证据：在拍卖过程中，各方应保留好与保证金相关的所有证据，包括但不限于合同、收据、通知等。这些证据在发生纠纷时将起到至关重要的作用。
- 及时咨询专业律师：如果因保证金处理而发生纠纷，各方应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，并寻求合法的解决途径。
如有任何关于拍卖保证金或相关法律问题的疑问，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。