有限合伙企业以自有资金投资新三板公司，一般情况下并不需要额外备案。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、备案要求的一般理解

备案通常指的是将特定事项或行为报告给相关主管部门，以便其进行记录和监管。在金融投资领域，备案要求往往与特定的投资行为、投资者类型或投资金额等相关。然而，对于有限合伙企业以自有资金投资新三板公司这一行为，并未有明确的法律法规要求其必须进行备案。

二、有限合伙企业的投资性质

有限合伙企业作为一种企业组织形式，其投资行为属于企业自主经营范畴。在符合法律法规和合伙协议的前提下，有限合伙企业有权自主决定其投资方向和投资方式。因此，以自有资金投资新三板公司，是有限合伙企业正常的投资行为，无需额外备案。

三、新三板市场的监管要求

新三板市场作为我国多层次资本市场的重要组成部分，其监管要求主要集中在对挂牌公司的信息披露、公司治理等方面。对于投资者而言，新三板市场并未对投资者的投资行为设置额外的备案要求。当然，投资者在投资新三板公司时，需要遵守新三板市场的相关规则和程序，如通过证券公司进行开户、交易等，但这些并不属于备案范畴。

四、特殊情况下的备案要求

虽然一般情况下有限合伙企业以自有资金投资新三板公司不需要备案，但也存在一些特殊情况可能需要备案。例如，如果有限合伙企业的投资行为涉及到跨境投资、特定行业的投资限制等，可能需要按照相关法律法规进行备案或审批。此外，如果有限合伙企业的合伙协议或内部规定要求对投资行为进行备案，那么也需要按照相关规定执行。但这些情况都属于特殊情形，并不具有普遍性。

五、法律建议

1. 遵守法律法规：有限合伙企业在投资新三板公司时，应确保其投资行为符合相关法律法规的要求，避免因违法违规行为而引发法律风险。
2. 完善内部管理：有限合伙企业应建立健全内部管理制度，明确投资决策程序、风险控制措施等，以确保投资行为的合规性和稳健性。
3. 关注市场动态：有限合伙企业应密切关注新三板市场的动态和政策变化，及时调整投资策略和风险控制措施，以适应市场的发展和变化。

如有任何关于有限合伙企业投资或新三板市场的法律问题，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。