在土地出让合同中对合同条款产生的纠纷被认定为民事纠纷的法律依据，主要基于合同双方的法律地位及纠纷性质。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同双方的法律地位
平等主体原则：
- 在土地出让合同中，政府（或其自然资源主管部门）通常作为土地使用权的出让人，与土地使用者（如开发商、企业等）基于平等协商的原则签订合同。此时，政府并非以行政管理者身份出现，而是以平等的合同主体身份参与。
- 根据《中华人民共和国仲裁法》第二条，平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。这表明，当政府以平等主体身份参与土地出让合同时，其引发的纠纷（如出让金支付、土地交付等）属于合同纠纷范畴，原则上符合民事纠纷的条件。
非行政争议性质：
- 尽管自然资源主管部门具有行政管理职能，但在土地出让合同中，其以平等的合同主体身份参与，因此产生的纠纷更多围绕合同权利义务，而非行政争议。
- 根据《中华人民共和国仲裁法》第三条，依法应当由行政机关处理的行政争议不能仲裁。土地出让合同纠纷通常不属于行政争议范畴，因此可以被认定为民事纠纷。
二、纠纷性质与法律依据
合同纠纷属性：
- 土地出让合同纠纷本质上属于合同纠纷，即因合同条款的履行、解释或违约等产生的争议。这类纠纷通常涉及纯粹的财产权益问题，如合同履行、违约赔偿计算等。
- 根据《民法典》中关于合同的相关规定，合同纠纷属于民事纠纷范畴，应通过民事诉讼或仲裁等民事途径解决。
仲裁与诉讼的选择：
- 当土地出让合同双方在合同中约定了仲裁条款，或在纠纷发生后达成了仲裁协议，则可将纠纷提交仲裁解决。这符合《中华人民共和国仲裁法》第四条关于当事人采用仲裁方式解决纠纷应双方自愿，并达成仲裁协议的规定。
- 若未约定仲裁条款或未达成仲裁协议，则当事人可向人民法院提起民事诉讼，依据《民法典》及相关司法解释解决纠纷。
三、司法实践与案例支持
- 最高人民法院通过一系列司法解释和案例，明确了土地出让合同纠纷具有民事合同的属性，其纠纷本质上是平等主体之间的民事争议。这为土地出让合同纠纷被认定为民事纠纷提供了司法实践上的支持。
法律建议
- 明确合同条款：在签订土地出让合同时，双方应明确合同条款，包括争议解决方式（如仲裁或诉讼），以避免后续纠纷。
- 保留证据：在合同履行过程中，双方应妥善保留相关证据，如付款凭证、土地交付记录等，以备纠纷发生时使用。
- 及时咨询：若发生土地出让合同纠纷，建议及时咨询专业律师，以了解自身权益并制定合适的纠纷解决策略。
综上所述，在土地出让合同中对合同条款产生的纠纷被认定为民事纠纷的法律依据，主要基于合同双方的法律地位及纠纷性质。当政府以平等主体身份参与土地出让合同时，其引发的纠纷属于合同纠纷范畴，原则上符合民事纠纷的条件。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。