结论：在素材使用没有版权，但很多年后被人注册版权并被告的情况下，是否合法取决于多个因素，包括素材的性质、使用方式、是否构成合理使用以及版权注册的合法性等。一般来说，未经版权所有者许可使用其作品可能构成侵权，但具体情况需具体分析。
一、版权的基本原则
版权是法律赋予创作者对其作品享有的独占权利，包括复制权、发行权、表演权、放映权、广播权、信息网络传播权等。根据《中华人民共和国著作权法》的规定，未经版权所有者许可，他人不得擅自使用其作品，否则可能构成侵权。
二、素材使用的合法性分析
素材性质：
- 如果素材属于公共领域作品（如已过版权保护期的作品、政府文件等），则任何人都可以自由使用，无需获得版权许可。
- 如果素材属于受版权保护的作品，则未经版权所有者许可使用可能构成侵权。
使用方式：
- 即使素材受版权保护，某些使用方式也可能被视为合理使用，如个人学习、研究、评论、新闻报道等。但合理使用的范围和条件有限，需根据具体情况判断。
- 如果使用方式超出了合理使用的范围，如商业性使用、大量复制或传播等，则可能构成侵权。
版权注册的合法性：
- 版权注册是版权所有者保护其权益的一种方式，但注册本身并不赋予版权所有者对作品的绝对权利。如果版权注册存在瑕疵或违法情况（如恶意抢注、虚假注册等），则可能影响其法律效力。
- 在被诉侵权的情况下，被告可以质疑版权注册的合法性，要求法院审查版权注册的有效性。
三、可能的法律后果
如果构成侵权：
- 被告可能需要承担停止侵权、赔偿损失等民事责任。赔偿金额通常根据侵权行为的性质、情节、后果以及版权所有者的实际损失等因素确定。
- 在某些情况下，侵权行为还可能构成刑事犯罪，如侵犯著作权罪等。但这种情况相对较少见，且需要满足一定的条件。
如果不构成侵权：
- 被告无需承担任何法律责任。这通常发生在被告能够证明其使用行为属于合理使用或版权注册存在瑕疵等情况下。
四、建议与措施
收集证据：
- 在被诉侵权的情况下，被告应尽快收集相关证据，如使用素材的时间、方式、目的等，以证明其使用行为的合法性。
- 同时，被告也可以质疑版权注册的合法性，要求原告提供版权注册的证明文件和相关证据。
寻求法律帮助：
- 由于版权法律问题复杂且专业性强，建议被告在面临诉讼时寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助被告维护其合法权益。
遵守版权法律：
- 在未来的素材使用中，建议遵守版权法律的规定，获得版权所有者的许可后再进行使用。这可以避免不必要的法律纠纷和损失。
总结：在素材使用没有版权，但很多年后被人注册版权并被告的情况下，是否合法取决于多个因素。如果构成侵权，被告可能需要承担法律责任；如果不构成侵权，则无需承担任何责任。因此，建议被告在面临此类诉讼时积极收集证据、寻求法律帮助并遵守版权法律的规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。