当资金用途存疑时，法院会根据具体案件情况，结合证据规则、合同约定及法律规定，采取以下处理方式：

1. 要求资金使用方举证说明用途
   根据《民事诉讼法》第六十七条，法院会要求主张资金用途合法的一方（如借款人、资金接收方）提供证据，证明资金实际用于约定用途。例如：

   • 借款合同中约定资金用于“企业经营”，需提供采购合同、发票、银行流水等证明；
     
   • 若资金涉及投资，需提供投资协议、项目进展报告等。
     若无法举证，法院可能认定资金用途未达约定条件，进而支持资金出借方（如贷款人、投资人）的主张（如提前收回资金、解除合同等）。

2. 审查资金流向的合法性
   若资金用途涉嫌违法（如洗钱、非法集资、行贿等），法院会依据《刑法》《反洗钱法》等法律，将案件移送公安机关侦查，或直接认定相关合同无效。例如：

   • 借款合同约定资金用于“赌博”，法院会认定合同因违背公序良俗而无效；
     
   • 投资款被挪用至非法活动，投资人可要求返还资金并追究违约责任。

3. 结合合同目的判断用途是否合理
   即使合同未明确约定资金用途，法院也会根据合同目的、行业惯例等，推断资金应如何使用。例如：

   • 购房贷款合同中，若借款人将资金用于炒股，法院可能认定其违反合同目的，支持银行提前收贷；
     
   • 合作投资协议中，若一方擅自改变投资方向，另一方可要求赔偿损失。

4. 通过司法鉴定或第三方审计核实用途
   对复杂案件（如涉及大额资金、多笔转账），法院可能委托会计师事务所、司法鉴定机构等，对资金流向进行审计，以查明实际用途。例如：

   • 离婚诉讼中，一方主张另一方转移财产，法院可通过审计银行流水、资产变动记录等，判断资金是否被隐匿或挪用；
     
   • 公司股权纠纷中，股东质疑资金被大股东侵占，法院可委托审计机构核查公司账目。

总结：法院处理资金用途存疑问题的核心是“以证据为基础，以法律为准绳”。若您涉及此类纠纷，建议提前整理资金流向证据（如合同、转账记录、沟通记录等），并关注对方是否存在违法或违约行为。如有具体案件，可直接向我咨询细节，我会结合案情进一步分析。