结论：在交通事故中，若对方主责、我方次责，且定损维修费用为5990元，而我方赔了3100多元，这很可能是因为我方需要承担部分维修费用，具体数额取决于双方的责任比例以及可能的保险赔付情况。

分析：

1. 责任比例的影响：

   • 在交通事故中，责任比例是决定赔偿金额的关键因素。若对方被认定为主责，通常意味着对方需要承担大部分的赔偿责任；而我方作为次责方，也需要承担一定比例的责任。
   • 假设双方的责任比例为7:3（对方70%，我方30%），那么对于5990元的维修费用，我方理论上需要承担30%的费用，即5990元 * 30% = 1797元。但实际赔付中，这个数额可能会因保险赔付、协商结果等因素有所调整。

2. 保险赔付的影响：

   • 如果双方都有购买车险，那么保险公司会根据保险条款和责任比例进行赔付。在某些情况下，保险公司可能会直接赔付给维修厂或对方车主，而我方则需要根据保险公司的赔付结果和责任比例来支付剩余部分。
   • 如果我方购买的保险不足以覆盖全部责任，或者保险条款中有免赔额等限制，那么我方可能需要自行承担部分费用。

3. 协商与调解的结果：

   • 在实际处理中，双方可能会通过协商或调解来达成赔偿协议。这个过程中，可能会考虑到各种因素，如双方的损失情况、经济能力、过错程度等，从而达成一个双方都能接受的赔偿数额。
   • 因此，即使按照责任比例计算出的理论赔偿数额与我方实际赔付的数额存在差异，也可能是因为双方通过协商达成了不同的赔偿协议。

4. 可能的计算方式与结果：

   • 假设经过协商或根据保险条款，我方实际需要承担的费用比例高于理论上的30%，或者存在其他费用（如诉讼费、鉴定费等）需要分摊，那么我方赔付的数额就可能会超过1797元。
   • 例如，如果双方协商后确定我方需要承担50%的责任（这在实际中可能较为少见，但为了说明问题而假设），那么我方需要赔付的数额就是5990元 * 50% = 2995元，再加上可能的其他费用，就可能达到3100多元。

建议：

• 如果您对赔偿数额有疑问，可以首先查看交通事故责任认定书和保险赔付协议，了解双方的责任比例和保险赔付情况。
• 如果仍然存在疑问或不满，可以与对方或保险公司进行进一步沟通协商，或者寻求法律途径解决争议。
• 在未来的驾驶过程中，建议遵守交通规则，保持安全驾驶，以减少交通事故的发生和可能的经济损失。