擅自处理受保护的畜禽遗传资源，造成畜禽遗传资源损失的，将依法受到五万元以上五十万元以下的罚款。这一处罚依据主要来源于《中华人民共和国畜牧法》的相关规定。

法律依据与处罚标准

根据《中华人民共和国畜牧法》第五十八条的规定，违反本法第十三条第二款规定，即擅自处理受保护的畜禽遗传资源，并造成畜禽遗传资源损失的，将由省级以上人民政府畜牧兽医行政主管部门处以五万元以上五十万元以下的罚款。这一处罚标准明确且具体，旨在保护畜禽遗传资源，防止其因不当处理而遭受损失。

处罚的构成要件

要构成这一处罚，需要满足以下几个要件：

1. 行为要件：擅自处理受保护的畜禽遗传资源。这里的“擅自处理”指的是未经相关主管部门批准，私自进行畜禽遗传资源的处理行为。

2. 结果要件：造成畜禽遗传资源损失。这意味着处理行为必须导致了畜禽遗传资源的实际损失，如品种灭绝、基因流失等。

3. 主体要件：由省级以上人民政府畜牧兽医行政主管部门进行处罚。这表明处罚的权威性和严肃性，确保处罚的公正性和有效性。

处罚的适用范围与例外

这一处罚规定适用于所有擅自处理受保护的畜禽遗传资源，并造成损失的行为。然而，也存在一些例外情况，如因不可抗力或紧急避险等原因导致的处理行为，可能不构成违法。但这种情况需要具体分析，并由相关部门进行认定。

法律建议与风险提示

1. 遵守法律法规：在处理畜禽遗传资源时，务必遵守相关法律法规，确保处理行为的合法性和合规性。

2. 申请批准：如需处理受保护的畜禽遗传资源，应提前向相关主管部门申请批准，并按照批准的要求进行操作。

3. 风险防范：在处理畜禽遗传资源时，应采取必要的风险防范措施，防止因处理不当而导致资源损失。

4. 法律责任：如因擅自处理受保护的畜禽遗传资源而受到处罚，应积极配合相关部门的调查和处理工作，并承担相应的法律责任。

作为专业律师，我建议相关单位和个人在处理畜禽遗传资源时务必谨慎行事，确保符合法律法规的要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。