合同签发部门不盖章，合同是否有效需分情况讨论。

1. 一般情况下，签字即有效
   根据《民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。签字、盖章、按指印具备其一即可，并非必须同时具备。因此，若合同仅由签发部门签字而未盖章，但双方已就合同内容达成一致，且签字人具有相应民事行为能力、意思表示真实，合同通常成立并生效。
   举例：若A公司与B公司签订买卖合同，A公司法定代表人签字但未加盖公章，B公司已按合同履行交货义务，A公司接受货物，则合同有效。

2. 合同明确约定“签字且盖章”才生效的，仅签字不盖章无效
   若合同中特别约定“本合同自双方签字并盖章后生效”，则仅签字未盖章不符合生效要件，合同未生效。此时，双方可协商补充盖章，或根据实际履行情况主张合同成立（如一方已履行主要义务，对方接受）。
   举例：若某建设工程施工合同约定“本合同经双方签字盖章后生效”，承包方仅签字未盖章，发包方未接受其施工，则合同未生效。

3. 实际履行可补正合同效力
   根据《民法典》及相关司法解释，若合同未盖章但一方已按约定履行主要义务，对方接受的，合同成立并生效。此时，盖章的缺失不影响合同效力。
   举例：若租赁合同未盖章，但承租人已支付租金，出租人接受并交付房屋，则合同有效。

法律建议：

• 签订合同时，建议明确约定生效条件（如“签字并盖章后生效”或“签字即生效”），避免争议。
  
• 若合同未盖章但已实际履行，可保留履行证据（如付款记录、交货单等），以证明合同效力。
  
• 若对方以未盖章为由拒绝履行合同，可依据实际履行情况主张权利，或要求补充盖章。

风险提示：
合同效力直接影响权利义务，未盖章可能导致合同被认定未生效，进而影响违约责任、赔偿等。建议签订合同时严格履行盖章程序，或通过实际履行补正效力。

如有具体合同纠纷，可进一步向我咨询，我会结合合同条款、履行情况等提供详细分析。